| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,704,719 | G→T | 52.7% | P15T (CCG→ACG) | dppC ← | dipeptide/heme ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,704,719 | 0 | G | T | 52.7% | 5.5 / 255.4 | 164 | P15T (CCG→ACG) | dppC | dipeptide/heme ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/43); new base T (42/44); total (77/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
AGATCGCGATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAGATC > NC_000913/3704620‑3704818 | aGATCGCGATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCgg < 1:224995/100‑1 (MQ=255) cgcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCAcc < 1:2737781/100‑1 (MQ=255) cgcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCAcc > 2:4246380/1‑100 (MQ=255) cgcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCAcc > 2:2301479/1‑100 (MQ=255) gcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCg > 2:4143632/1‑100 (MQ=255) aTGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTg < 1:2301029/100‑1 (MQ=255) tGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTgc < 2:2336680/100‑1 (MQ=255) aaCAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTgcgc < 1:3363556/100‑1 (MQ=255) aCAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCt < 1:863813/100‑1 (MQ=255) gCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAAt > 1:1287828/1‑100 (MQ=255) aCGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCa < 2:55529/100‑1 (MQ=255) aCGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCa < 1:766197/100‑1 (MQ=255) aTGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACtt < 1:457683/100‑1 (MQ=255) aTGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACtt < 1:3220651/100‑1 (MQ=255) acgacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAt > 2:2583785/1‑100 (MQ=255) acgacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAACAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGTTTATCACTTTAt > 2:1686878/1‑100 (MQ=255) cgacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTAtt > 1:227026/1‑100 (MQ=255) gacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAttt < 1:2101544/100‑1 (MQ=255) acgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTGTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTAtttt < 2:3003528/100‑1 (MQ=255) cgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACCGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTc < 1:2278270/100‑1 (MQ=255) cgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAATGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTc < 1:3265923/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:2539262/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:3174063/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTctg < 2:2878339/100‑3 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:3334276/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:3796544/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCACAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:408135/100‑1 (MQ=255) aaaCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGGGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGt < 1:2569988/100‑1 (MQ=255) aaaCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGt < 2:1682589/100‑1 (MQ=255) aCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTaa > 1:3007572/1‑100 (MQ=255) aCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTaa > 2:1063814/1‑100 (MQ=255) ccAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAAc > 1:2021732/1‑100 (MQ=255) ccGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTGATCACTTTATTTTCAGTAACCtgtg > 2:2550864/1‑100 (MQ=255) cgacgaCCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGa > 2:3806860/1‑100 (MQ=255) gacgacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGTCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGCAACCTGTGAc > 1:2814935/1‑100 (MQ=255) gacgacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGa < 1:1565351/99‑1 (MQ=255) acgacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTTCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACa < 2:2489760/100‑1 (MQ=255) gacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatg < 1:1318234/100‑1 (MQ=255) acCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTTTGACatg > 1:3614610/1‑99 (MQ=255) acCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatga > 2:3084908/1‑100 (MQ=255) acCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAACCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGAc > 1:3620576/1‑96 (MQ=255) ccGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatgat > 2:1166672/1‑100 (MQ=255) ccGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatgat > 1:2392733/1‑100 (MQ=255) ccGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatga < 1:2069591/99‑1 (MQ=255) ccTTTGTTACGATTAGAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACGGGTGCGCATATCACTTTAGTTTCAGTAACCGATGACctgctg > 1:1393075/1‑96 (MQ=255) tttGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCt > 1:184821/1‑100 (MQ=255) tttGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCAAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTACCCt > 1:894939/1‑100 (MQ=255) gttgCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTAc > 2:43223/1‑100 (MQ=255) gttgCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTCACCTGTGACATGATGTCCCCTTAc > 1:650558/1‑100 (MQ=255) gCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTActtc < 1:1246486/100‑1 (MQ=255) cGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTActtct < 2:642025/100‑1 (MQ=255) 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2:368412/1‑100 (MQ=255) aaaTAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGAc > 2:793846/1‑100 (MQ=255) aaTAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACg < 1:651518/100‑1 (MQ=255) tAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGaa > 1:1686734/1‑100 (MQ=255) tAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGaa > 1:2978635/1‑100 (MQ=255) tAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGaa > 1:2571217/1‑100 (MQ=255) tGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATAc > 2:3719060/1‑100 (MQ=255) gCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATAcg > 2:3235919/1‑100 (MQ=255) 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1:3602930/100‑1 (MQ=255) cATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc > 2:3495592/1‑100 (MQ=255) cATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc > 2:1771409/1‑100 (MQ=255) cATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc < 2:821073/100‑1 (MQ=255) cATCAGCCCCGGTGCGCTAATCACTTTATGTTCATTACCCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATCACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc < 1:1445247/100‑1 (MQ=255) aTCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagca > 2:2562632/1‑100 (MQ=255) tCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagcag > 2:3852797/1‑100 (MQ=255) cGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGCAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAGa > 2:2208982/1‑100 (MQ=255) gCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCCCCACGCCGTACAGCAGATc > 1:2697579/1‑100 (MQ=255) gCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAGATc < 1:3443933/100‑1 (MQ=255) gCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAGATc < 2:1885376/100‑1 (MQ=255) gCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCAGTACAGCAGATc < 2:2807138/100‑1 (MQ=255) | AGATCGCGATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAGATC > NC_000913/3704620‑3704818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |