| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,707,989 | A→G | 43.6% | intergenic (‑284/+627) | dppA ← / ← proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,989 | 0 | A | G | 43.6% | 60.9 / 207.9 | 175 | intergenic (‑284/+627) | dppA/proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/49); new base G (42/34); total (91/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAA > NC_000913/3707893‑3708087 | tgtgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAAt > 2:3904787/1‑100 (MQ=255) gtgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGGAAtt > 1:502643/1‑100 (MQ=255) gAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGGAATTtg > 2:852414/1‑100 (MQ=255) gAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTtg < 2:962392/100‑1 (MQ=255) gAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTtg < 2:2650464/100‑1 (MQ=255) gAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATT‑AAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTtg < 2:1471088/100‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3707893‑3708087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |