| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,965,149 | A→T | 44.8% | V161E (GTG→GAG) | rhlB ← | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,965,149 | 0 | A | T | 44.8% | 47.1 / 199.2 | 148 | V161E (GTG→GAG) | rhlB | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/42); new base T (38/28); total (78/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TTGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCACTT > NC_000913/3965050‑3965245 | ttGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTaccacca > 1:2220213/1‑100 (MQ=255) gAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTaccaccacc < 2:3140439/100‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTg > 2:1719475/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTg > 1:2430853/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTg > 2:2195057/1‑100 (MQ=255) cgcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCGCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGaa > 1:2941491/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATg < 2:3883351/100‑1 (MQ=255) tGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATgg > 1:3758484/1‑100 (MQ=255) tGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATgg > 2:3984316/1‑100 (MQ=255) ggTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCTTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGc > 2:2933730/1‑100 (MQ=255) tttGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCAc < 1:1900388/100‑1 (MQ=255) ttGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCAcc > 2:3579323/1‑100 (MQ=255) ttGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCAcc < 1:1871487/100‑1 (MQ=255) tGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCg > 1:384906/1‑100 (MQ=255) cAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAg > 2:1098762/1‑100 (MQ=255) cAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAg > 1:613257/1‑100 (MQ=255) ggcggcATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGt > 1:2188816/1‑100 (MQ=255) ggcggcATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGt > 1:3807434/1‑100 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg > 2:1989560/1‑100 (MQ=255) aTACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgt > 2:2540022/1‑100 (MQ=255) aTACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgt > 2:3408409/1‑100 (MQ=255) aTAAGGGGGAACAGGCAGCGCATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGCCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg < 1:3560332/99‑1 (MQ=255) aCGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTgg > 2:3420106/1‑100 (MQ=255) cggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGt > 1:1137064/1‑100 (MQ=255) cggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGt > 2:1465782/1‑100 (MQ=255) cggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGt < 1:246493/100‑1 (MQ=255) cggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGt > 1:1056659/1‑100 (MQ=255) ggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGtt > 1:1901781/1‑100 (MQ=255) gccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGc < 1:4241983/100‑1 (MQ=255) ccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCg > 2:1474671/1‑100 (MQ=255) ccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCg < 2:3735206/100‑1 (MQ=255) cagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGctt < 2:2890237/100‑3 (MQ=255) agcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTa < 1:28520/100‑1 (MQ=255) cGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGt < 1:3603487/100‑1 (MQ=255) cGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGt < 2:219152/100‑1 (MQ=255) ggATATCTTTCATCGAGCCCAGATCCTACGTGCTCTCCGCTTTGTCCGGTTCCTCCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGCTTCTTCTTGGCGTAGTc < 1:3906661/100‑1 (MQ=255) tCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTa < 1:918407/100‑1 (MQ=255) cTTTAATAACGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGACTGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTa > 1:109778/1‑99 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 2:587612/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 1:2317848/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 1:1584737/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTCCTGCTTGGTGCAGTCAAt > 2:1625359/1‑97 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAACGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 1:3925896/1‑100 (MQ=255) tttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaaa > 2:4259811/1‑100 (MQ=255) tttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCCCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaaa > 1:2716693/1‑100 (MQ=255) tttAATAAAGCCCAGATCGCACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCAACTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATGaaa < 1:2015256/100‑1 (MQ=255) ttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAAc < 1:1706281/100‑1 (MQ=255) ttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAAc < 2:3211626/100‑1 (MQ=255) taataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACg < 2:2802622/100‑1 (MQ=255) taataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACg > 2:487465/1‑100 (MQ=255) aataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGGTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGc > 2:3927364/1‑100 (MQ=255) ataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcc < 2:742062/100‑1 (MQ=255) taaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGccc < 1:1615363/100‑1 (MQ=255) aaaGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcccc > 2:1874354/1‑100 (MQ=255) aaGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCg < 2:2676109/100‑1 (MQ=255) aGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgt < 1:1276330/100‑1 (MQ=255) gCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtg > 2:762624/1‑100 (MQ=255) ccAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtggt < 2:1503342/100‑1 (MQ=255) ccAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtggt > 2:1054535/1‑100 (MQ=255) ccAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtggt > 1:2894099/1‑100 (MQ=255) cAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtggtg < 2:2065611/100‑1 (MQ=255) cAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGGCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtggtg < 2:1852872/100‑1 (MQ=255) cGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAAt > 1:1518360/1‑100 (MQ=255) gTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATc < 1:3168658/100‑1 (MQ=255) gTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATc > 1:2722327/1‑100 (MQ=255) gTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATc > 2:2230165/1‑100 (MQ=255) gTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATc < 1:346743/100‑1 (MQ=255) tACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCa < 1:1865787/100‑1 (MQ=255) aCATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAg < 1:827235/100‑1 (MQ=255) aCATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAg < 1:549035/100‑1 (MQ=255) cATGCTATCGGCTTTTTCAAATACCATCACATGAATGGCACCGATGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCTCGTGGTGCCAATCAg < 1:894217/99‑1 (MQ=255) tGCGATCGGCTTCGTGCAGTACCTCCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCGTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATc < 1:3168625/95‑1 (MQ=255) tGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCGCCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAAGGCCCCGTGGTGCCAATCAg > 1:2281540/1‑97 (MQ=255) gCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATg < 1:3544946/100‑1 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aTCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCa > 2:3968964/1‑100 (MQ=255) ggCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcg > 1:47039/1‑100 (MQ=255) ggCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcg < 2:2301370/100‑1 (MQ=255) cTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcgcc < 2:1754354/100‑1 (MQ=255) cTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcgcc > 2:3576390/1‑100 (MQ=255) cTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCGAATCAGAATGTCAAagcc > 1:697289/1‑100 (MQ=255) cTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcgcc < 2:1115605/100‑1 (MQ=255) tCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAcgccgc > 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agcacctccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCa > 2:2894623/3‑100 (MQ=255) accacctccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGc > 1:1089264/1‑99 (MQ=255) ccaccaccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCAc > 1:4206510/1‑100 (MQ=255) accaccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCACtt > 2:1971143/1‑100 (MQ=255) | TTGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCACTT > NC_000913/3965050‑3965245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |