| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,126,903 | G→A | 16.7% | intergenic (‑93/‑110) | priA ← / → rpmE | Primosome factor n' (replication factor Y)/50S ribosomal subunit protein L31 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,126,903 | 0 | G | A | 16.7% | 349.3 / 48.7 | 148 | intergenic (‑93/‑110) | priA/rpmE | Primosome factor n' (replication factor Y)/50S ribosomal subunit protein L31 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/65); new base A (14/11); total (72/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GGGCATAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAACCG > NC_000913/4126805‑4127002 | gggCATAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGa < 1:1023658/100‑1 (MQ=255) ggCATAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGAt > 2:32328/1‑100 (MQ=255) aTAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTc > 1:3784380/1‑100 (MQ=255) tAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTcg > 2:1347102/1‑100 (MQ=255) aGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTcgc > 1:319362/1‑100 (MQ=255) gCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTcgcg > 2:1804323/1‑100 (MQ=255) catcatCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCgcgc < 1:2807543/100‑1 (MQ=255) atcatcCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGcc < 1:42502/100‑1 (MQ=255) atcCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTc > 1:1534334/1‑100 (MQ=255) atacTGAATTGAAATTCGCTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGCGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCtt > 1:3997958/4‑99 (MQ=255) tcCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCg < 1:741717/100‑1 (MQ=255) nccTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCg > 2:1381708/2‑100 (MQ=255) ccTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGt > 1:3426271/1‑100 (MQ=255) ccTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGt > 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gAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATg > 1:3017311/1‑100 (MQ=255) aaaTTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGa > 2:4097756/1‑100 (MQ=255) ggTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTAt < 2:4088881/100‑1 (MQ=255) tGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTg > 1:28605/1‑100 (MQ=255) gggTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGa < 1:152219/100‑1 (MQ=255) gTTAGTATACACATTGCCGTAGAATAGTGCGTATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTCCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAg < 1:552308/100‑1 (MQ=255) gTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAg < 1:3653485/100‑1 (MQ=255) gTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAg < 2:4217480/100‑1 (MQ=255) ttAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGc < 2:637202/100‑1 (MQ=255) ttAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGc < 2:3596877/100‑1 (MQ=255) tAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCt < 2:2741176/100‑1 (MQ=255) aGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCta > 1:2655683/1‑100 (MQ=255) aGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCta < 2:3426284/100‑1 (MQ=255) gTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAAATTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCtat > 1:3621303/1‑100 (MQ=255) tataCACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCtata > 1:3789891/1‑100 (MQ=255) ataCACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATAc < 1:1316564/100‑1 (MQ=255) ataCACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATAc > 1:2118649/1‑100 (MQ=255) taCACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACt < 1:754129/100‑1 (MQ=255) taCACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACt > 1:410072/1‑100 (MQ=255) atctttGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACttt < 2:2259450/96‑1 (MQ=255) acaTTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACtttt > 1:1635608/1‑100 (MQ=255) caTTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTa < 2:1571046/100‑1 (MQ=255) caTTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTa > 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ttGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTTAc < 1:1003835/100‑1 (MQ=255) ttGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACtttagat > 1:2259444/1‑96 (MQ=255) tGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACa > 1:1261104/1‑100 (MQ=255) gCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACAt > 1:3360531/1‑100 (MQ=255) gCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTGCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACAt > 1:3893863/1‑100 (MQ=255) agaagaGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCgt < 1:1909994/100‑1 (MQ=255) aagaGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCgtgg < 2:2215130/100‑1 (MQ=255) agagTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAACTGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCgtggt < 1:2280237/100‑1 (MQ=255) gCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTg > 2:416567/1‑100 (MQ=255) gCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTg > 2:344763/1‑100 (MQ=255) ggATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGc < 2:4063079/100‑1 (MQ=255) ggATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATAATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGc > 2:1435411/1‑100 (MQ=255) gATCAGTTTGCCTACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTAGCGCCTTAGTACGATATGAACGTCTTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGCGATGTCTcgcg > 1:406361/1‑100 (MQ=255) gATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCg > 1:3091578/1‑100 (MQ=255) gATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCg > 2:383883/1‑100 (MQ=255) 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1:1594450/100‑1 (MQ=255) tCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCt < 2:3565245/100‑1 (MQ=255) tCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCt < 2:1736144/100‑1 (MQ=255) tGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCtt > 1:1960552/1‑99 (MQ=255) tGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTa < 1:3201550/100‑1 (MQ=255) gTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTaa > 1:2386353/1‑100 (MQ=255) gTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTACGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTaa > 1:3586692/1‑100 (MQ=255) tATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTaaa > 1:2755936/1‑100 (MQ=255) aTGATTTCGCGCCTTCTTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAAc < 1:2496214/100‑1 (MQ=255) aTGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAAc < 1:1614737/100‑1 (MQ=255) aTGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAAc > 2:708603/1‑100 (MQ=255) gATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAACCg > 2:3607560/1‑100 (MQ=255) | GGGCATAGCATCATCCTGACTTGAAATTCGGTGGGTTAGTATACACATTGCCGTAGAAGAGTGCGGATCAGTTTGCATACGCTGGTTAATTTCTGTATGATTTCGCGCCTTCGTACGAAATGATCGTATTGAAGCTATACTTTTAACATCGCGTGGTGTCTGGCGTTAGGGCTGGAAGAGCGACGCGGCCTTAAACCG > NC_000913/4126805‑4127002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |