| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,186,296 | T→G | 19.2% | I316S (ATC→AGC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,186,296 | 0 | T | G | 19.2% | 406.5 / 103.9 | 187 | I316S (ATC→AGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/82); new base G (17/19); total (86/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTA > NC_000913/4186197‑4186395 | ggATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATc < 1:1326976/100‑1 (MQ=255) ggATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATc > 2:2262347/1‑100 (MQ=255) ggATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATc > 2:3570551/1‑100 (MQ=255) tCTGGCTGCGCCGGACATTATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCGGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGAGCAcc < 2:1632478/100‑1 (MQ=255) tCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCAcc < 1:3853216/100‑1 (MQ=255) tCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCAcc < 2:1266143/100‑1 (MQ=255) 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1:562721/1‑100 (MQ=255) gtaACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATc < 2:2726797/100‑1 (MQ=255) gtaACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATc > 2:2323421/1‑100 (MQ=255) gtaACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATc > 2:806137/1‑100 (MQ=255) aaCGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCtt > 2:1990368/1‑100 (MQ=255) aaCGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGAGCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCtt < 1:245064/100‑1 (MQ=255) aCGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGCCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCttt < 1:2307706/100‑1 (MQ=255) ctcaaaaCGTATGCTGCAGGAAGTAGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCTATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATc < 1:2609701/93‑1 (MQ=255) gAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTgg < 2:3766320/100‑1 (MQ=255) gAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTgg > 1:106361/1‑100 (MQ=255) aCGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGan < 2:1536982/100‑2 (MQ=255) aCGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGAc < 1:431925/100‑1 (MQ=255) cGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCATCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACa < 1:2627355/100‑1 (MQ=255) cGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACa > 2:1024374/1‑100 (MQ=255) gTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGAGCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACAt < 1:375148/100‑1 (MQ=255) tgctgcAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGAGCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGAt < 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cGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGa > 2:3038091/1‑100 (MQ=255) gATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGac < 1:1500941/100‑1 (MQ=255) gATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGac < 1:3991307/100‑1 (MQ=255) aTCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGAGTGTTGact > 1:3692348/1‑100 (MQ=255) | TGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTACGTAACGAAAAACGTATGCTGCAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTA > NC_000913/4186197‑4186395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |