| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 545,486 | A→C | 42.2% | I293S (ATT→AGT) | allD ← | ureidoglycolate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 545,486 | 0 | A | C | 42.2% | 77.3 / 234.1 | 174 | I293S (ATT→AGT) | allD | ureidoglycolate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/47); new base C (33/40); total (87/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TCATCAACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAAT > NC_000913/545387‑545585 | tcatcaACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTaa < 2:267286/100‑1 (MQ=255) tcaACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTgg < 2:4172428/100‑1 (MQ=255) tcaACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTgg < 2:4008777/100‑1 (MQ=255) tcaACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATgg < 1:4212305/100‑1 (MQ=255) tcaACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATACCCTGATCCTGTCAGGGATACTAAACATTCTTAAACCCGTGCGCGGGGGTAATgg > 1:2212654/1‑100 (MQ=255) naacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATgg > 1:1767822/2‑99 (MQ=255) caacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGc > 2:1425795/1‑100 (MQ=255) caacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGc > 1:3847211/1‑100 (MQ=255) caacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGc > 2:1788879/1‑100 (MQ=255) caacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAACATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGc > 1:4145517/1‑100 (MQ=255) aacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGCa < 2:3319900/100‑1 (MQ=255) aacaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCa > 2:3402189/1‑100 (MQ=255) acaaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCAt > 2:1359327/1‑100 (MQ=255) caaTTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCAtt > 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1:642074/100‑1 (MQ=255) cggcggCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTg > 1:26640/1‑100 (MQ=255) cggcggCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTg < 1:1819694/100‑1 (MQ=255) cggcggCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTg > 1:514586/1‑100 (MQ=255) gcggcTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGc < 2:720680/100‑1 (MQ=255) cggcTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCt > 2:767222/1‑100 (MQ=255) gcTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTaa > 1:131350/1‑100 (MQ=255) cTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAg < 1:3109707/100‑1 (MQ=255) 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aaaaCCGGGCGCGGGGGTAGTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCGAAGCTGTTGACGGACTGATTCGCTGGAGGAGATAAAGTTAGGATTAATAAc > 1:1458731/1‑99 (MQ=255) aaaaCCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATtagatcgg > 1:2950359/1‑94 (MQ=255) aCCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACtata > 2:3165383/1‑100 (MQ=255) ccGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTatat > 2:1251206/1‑100 (MQ=255) ccGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTatat > 2:4160072/1‑100 (MQ=255) cGGGCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATg > 1:2748902/1‑100 (MQ=255) gggCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGt > 2:1696817/1‑100 (MQ=255) ggCGCGGGGGTACTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTa < 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ggTACTGGCATATAATTAGTGCATTGTTTTGCTAAGATGTTGGAGGAATAATTAGAAGAAAAAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGcccc < 1:3003318/100‑1 (MQ=255) gTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCa > 1:2368816/1‑100 (MQ=255) gTAATGGCATTTAATTCGCACATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCa < 1:725588/100‑1 (MQ=255) aTGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAAt > 2:1328973/1‑100 (MQ=255) | TCATCAACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAAT > NC_000913/545387‑545585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |