| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,603,361 | A→G | 58.0% | intergenic (‑503/‑116) | yjjP ← / → yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,603,361 | 0 | A | G | 58.0% | 89.9 / 175.4 | 156 | intergenic (‑503/‑116) | yjjP/yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/29); new base G (48/42); total (85/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TTTTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGACAG > NC_000913/4603263‑4603460 | ttttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCACTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGaa < 2:3005257/100‑1 (MQ=255) tttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGaaa > 1:131628/1‑100 (MQ=255) aaTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGa < 2:3485813/100‑1 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGTAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt < 2:1038775/100‑1 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 1:924659/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 2:1842268/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 2:1487127/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 1:924681/1‑100 (MQ=255) gTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATg < 2:3102230/100‑1 (MQ=255) ctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCt > 2:4252016/1‑100 (MQ=255) ctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACATTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCt > 1:2632107/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAg > 1:2098074/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAg < 2:3854283/100‑1 (MQ=255) ggCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCCGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGa > 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ccAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGCTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTc > 1:3566709/1‑100 (MQ=255) aGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGc > 2:4168544/1‑100 (MQ=255) aGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGc < 1:1409608/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGc < 1:1793846/99‑1 (MQ=255) gTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCtt < 2:2002161/100‑1 (MQ=255) ttATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTa < 2:1904655/100‑1 (MQ=255) tCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATc > 1:309857/1‑100 (MQ=255) tCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATc < 2:1331553/100‑1 (MQ=255) cATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCt > 1:1668189/1‑100 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 2:377989/1‑100 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa < 1:3462536/100‑1 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 2:3536745/1‑100 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 2:3881081/1‑100 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt > 2:1959613/1‑100 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:2632812/1‑100 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt < 2:4010847/100‑1 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt < 2:394673/100‑1 (MQ=255) cTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTg > 1:2462935/1‑100 (MQ=255) tAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGc > 2:2575711/1‑100 (MQ=255) ccTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTgg < 1:2143582/100‑1 (MQ=255) tCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGaaa < 1:1016040/100‑1 (MQ=255) cTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAAc > 1:740397/1‑100 (MQ=255) tGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAAc < 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2:3585915/94‑1 (MQ=255) ggAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaa < 2:1450425/100‑1 (MQ=255) ggAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaa > 2:2563457/1‑100 (MQ=255) gAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaat > 1:1739675/1‑100 (MQ=255) aGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAata > 2:730651/1‑100 (MQ=255) gttgttGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAatat > 1:3275150/1‑100 (MQ=255) tgttgtGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATcc < 1:3516511/100‑1 (MQ=255) tgtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGa < 2:2932906/100‑1 (MQ=255) tgtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGa > 2:3914779/1‑100 (MQ=255) tgtgCAGCAGGAGTACGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGa > 1:1222396/1‑100 (MQ=255) gtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGaa < 2:2393041/100‑1 (MQ=255) gtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGaa > 1:947194/1‑100 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa < 1:2261693/100‑1 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa > 1:3807324/1‑100 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa > 1:605628/1‑100 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAAAATTTAAGGAATGAATATCCTGAAt > 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2:630522/1‑100 (MQ=255) cTGATATGGAAGTGAATGCTCAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATCTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGCATAAACCATCATAAtt > 1:101870/1‑99 (MQ=255) cTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttt > 1:2382071/1‑100 (MQ=255) tGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAtttt < 1:2515640/100‑1 (MQ=255) gATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttttt < 1:3634369/100‑1 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 2:1370529/100‑1 (MQ=255) atatGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATGTCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 2:474520/100‑1 (MQ=255) atatGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 2:924961/100‑1 (MQ=255) tatGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg < 2:3806859/100‑1 (MQ=255) tatGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg > 1:1957663/1‑100 (MQ=255) ttaaaGTGTATGCTAAGTATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAATGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGAc < 1:3617136/98‑1 (MQ=255) tGAAAGTGAATGCTCAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGAc > 1:4060406/1‑100 (MQ=255) | TTTTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGACAG > NC_000913/4603263‑4603460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |