| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 568,691 | T→A | 15.4% | intergenic (+44/‑211) | emrE → / → ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 568,691 | 0 | T | A | 15.4% | 430.5 / 63.8 | 162 | intergenic (+44/‑211) | emrE/ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/68); new base A (15/10); total (84/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATT > NC_000913/568592‑568789 | tGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatt < 2:2700074/100‑1 (MQ=255) gATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatattt > 2:624174/1‑100 (MQ=255) gATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatattt > 2:1588447/1‑100 (MQ=255) aTTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGCAGGCTCttatattta > 2:4205735/1‑100 (MQ=255) tgtgCTGATGTGTTGATCATTAACTTATCGTCACGAAGCACACCACATTAACATTATTTGTTTCTCATCGACGAAACTATGGAGGCTCttatatttatat < 1:2830739/100‑1 (MQ=255) gtgCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATg > 2:369159/1‑100 (MQ=255) 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tatttatatGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGa < 2:4163771/100‑1 (MQ=255) tatttatatGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGa > 1:3136272/1‑100 (MQ=255) tatttatatGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGa > 2:1561809/1‑100 (MQ=255) atttatatGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTTTTAATGTATTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAATATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGat > 1:1420529/1‑100 (MQ=255) | TGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATT > NC_000913/568592‑568789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |