| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 833,889 | C→T | 34.4% | L274L (CTA→TTA) | dinG → | ATP‑dependent DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 833,889 | 0 | C | T | 34.4% | 178.7 / 129.0 | 156 | L274L (CTA→TTA) | dinG | ATP‑dependent DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/50); new base T (26/28); total (78/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTGAATG > NC_000913/833790‑833985 | aaaaaTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGc < 2:467835/100‑1 (MQ=255)aaaaaTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGc < 1:3044363/100‑1 (MQ=255)aaaaaTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGATATCGGc < 2:2233150/100‑1 (MQ=255) aaTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGGCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTAc < 2:1888250/100‑1 (MQ=255) aTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACa > 2:2501815/1‑100 (MQ=255) aTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACa > 2:3326132/1‑100 (MQ=255) aTTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCAGCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTa > 1:4045360/1‑98 (MQ=255) tACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCt < 1:2942613/100‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTg < 1:334725/100‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTgg > 1:744009/1‑100 (MQ=255) tgctggtgctggACGGAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGa < 2:764515/100‑1 (MQ=255) tgctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGa > 2:1765230/1‑100 (MQ=255) gctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTGTCGGTTACAGCTgg > 1:880814/1‑98 (MQ=255) gctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGAc > 2:2635152/1‑100 (MQ=255) gctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGAc < 1:2194817/100‑1 (MQ=255) ctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACt < 2:4034069/100‑1 (MQ=255) ctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACt < 2:3004169/100‑1 (MQ=255) ctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACt < 1:1030429/100‑1 (MQ=255) ctggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACt > 2:2553453/1‑100 (MQ=255) tggtgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACtt < 2:2807629/100‑1 (MQ=255) tgctggACGGAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGAATGCGCTGGAGATGAGCGCCGCAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAACTg > 1:1503470/1‑92 (MQ=255) tgctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGtt < 1:3057878/100‑1 (MQ=255) gctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTCTCGGTTACAGCTGGACTTGTTc > 2:1976762/1‑100 (MQ=255) gctggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTc > 1:1738311/1‑100 (MQ=255) tGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCAC < 1:2819434‑M1/100‑1 (MQ=255) tGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCGGGACTGGTTCAC > 1:4277397‑M1/1‑100 (MQ=255) ggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACG > 2:132640‑M1/1‑100 (MQ=255) ggACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCGTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACG > 1:3910618‑M1/1‑100 (MQ=255) gACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGA > 2:2070142‑M1/1‑100 (MQ=255) cGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAA > 2:3808980‑M1/1‑100 (MQ=255) aaGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAAC < 1:2766790‑M1/99‑1 (MQ=255) aGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTG > 2:1110874‑M1/1‑100 (MQ=255) ggCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTgg > 1:3147185/1‑100 (MQ=255) gCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGTTGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTGACAGCGGGACTTGTTCACGACACTgg > 1:718464/1‑99 (MQ=255) gCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAAATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACagg > 1:387469‑M1/1‑96 (MQ=255) ccATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTc > 1:3651917/1‑100 (MQ=255) ccATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGAGCTTGAGAAGCGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTACCGGCTACGGGTGGACTTGTTCAC > 1:4073903‑M1/1‑90 (MQ=255) cATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCGCCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCg < 1:938664/100‑1 (MQ=255) aTCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGc < 2:4232210/100‑1 (MQ=255) tCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCt > 1:2355918/1‑100 (MQ=255) ccTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTAcc < 1:251867/100‑1 (MQ=255) tGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTg < 2:15573/100‑1 (MQ=255) nccGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGc > 2:3248498/2‑100 (MQ=255) ccGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCa < 2:2372727/100‑1 (MQ=255) tgtgGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAg > 1:537787/1‑100 (MQ=255) gtgGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGc > 2:3586720‑M2/1‑99 (MQ=255) gtgGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGc > 2:1928214‑M2/1‑99 (MQ=255) ggCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGcag < 1:2345642‑M2/100‑4 (MQ=255) gcgcGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGcagt > 2:1177332‑M2/1‑96 (MQ=255) cgcgGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGcagtt < 2:3961358‑M2/100‑6 (MQ=255) ggATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGctccatgcaggtagcgaccagtttcgt < 2:1786219‑M1/100‑28 (MQ=255) ggATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGcagtttcg > 1:1458704‑M2/1‑91 (MQ=255) ggtgcGCTTGGGATGGGCGCCGAAATCACCGCGGCGGGGGATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTCctccatgcaggtagcgaccagtttcg < 1:937689‑M1/96‑27 (MQ=255) gATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGcc < 2:2844414/100‑1 (MQ=255) aTGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGccc > 1:2142065/1‑100 (MQ=255) aTGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGccc < 2:4262046/100‑1 (MQ=255) tGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCg > 1:4229114/1‑100 (MQ=255) 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> 1:3633925/1‑100 (MQ=255) gaTGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAGGACCATc > 2:13271/1‑100 (MQ=255) gaTGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCAtn < 1:3248486/100‑2 (MQ=255) aTGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATcc < 2:3616169/100‑1 (MQ=255) aTGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATcc < 2:4109086/100‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCAc < 1:1824749/100‑1 (MQ=255) gcgcCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTGACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCAcc > 1:4135258/1‑100 (MQ=255) gcgcCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCAcc < 1:2655365/100‑1 (MQ=255) 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2:2589054/1‑100 (MQ=255) aaaTCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGc < 1:2353532/100‑1 (MQ=255) aaaTCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTAGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTTGc > 1:3467824/1‑100 (MQ=255) gcatcccGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCg < 2:3837663/95‑1 (MQ=255) aaTCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCg < 1:2046650/100‑1 (MQ=255) aaTCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCg < 2:2348801/100‑1 (MQ=255) tCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGAt > 2:569115/1‑100 (MQ=255) cACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATc > 1:3666488/1‑100 (MQ=255) cACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATc > 1:4146724/1‑100 (MQ=255) aCCGCGCCGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTGACGACACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATcc > 1:86801/1‑100 (MQ=255) ccGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAAc < 2:3218130/100‑1 (MQ=255) ccGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAAc > 2:3471356/1‑100 (MQ=255) cGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACg < 2:2304412/100‑1 (MQ=255) cGTGGTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACg < 2:1047972/100‑1 (MQ=255) gtggtgTCGGTTACATCTGGACTGGTTCACGAAACTGGTCGCTACCGTCATTGTTCAGTATCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGAGCGCTGAACGt > 1:2487950/1‑100 (MQ=255) ggTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGtt < 1:3628763/99‑1 (MQ=255) gTATCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTg < 2:2082667/100‑1 (MQ=255) gTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTg < 1:1874922/100‑1 (MQ=255) aTCGGTTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTGaa < 2:3524302/100‑1 (MQ=255) aTCGGCTACAGCTGGACTTGTTCCCGCAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACgcgtga > 1:1251149/1‑94 (MQ=255) cGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTGAATg < 1:1040316/100‑1 (MQ=255) | AAAAATTTACTGCTGGTGCTGGACGAAGGCCATCACCTGCCGGATGTGGCGCGGGATGCGCTTGAGATGAGCGCCGAAATCACCGCGCCGTGGTATCGGCTACAGCTGGACTTGTTCACGAAACTGGTCGCTACCTGCATGGAGCAGTTTCGCCCGAAGACCATCCCACCGCTGGCGATCCCTGAACGTTTGAATG > NC_000913/833790‑833985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |