| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,434,459 | C→T | 81.1% | intergenic (‑235/+499) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,434,459 | 0 | C | T | 81.1% | 34.6 / 13.1 | 37 | intergenic (‑235/+499) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base T (18/12); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
GCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCG > NC_000913/1434362‑1434550 | gCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTg < 2:152515/100‑1 (MQ=25) cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg > 2:526497/1‑100 (MQ=18) cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg > 1:415025/1‑100 (MQ=25) tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTTTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTggg < 2:2487151/100‑1 (MQ=255) tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTggg > 2:4064437/1‑100 (MQ=255) gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt > 2:2666036/1‑100 (MQ=17) gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATATTggg > 1:2066469/1‑99 (MQ=12) aaTATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgtg > 2:4149004/1‑100 (MQ=18) atatGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgtgt > 2:2801567/1‑100 (MQ=18) tatGATAAGGAGCGAAGTGATTATTAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGtt < 1:3427904/100‑1 (MQ=9) atGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCATCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGAAAATTTTTATCTTGGATGTTc > 1:1049357/1‑100 (MQ=11) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt > 1:3063055/1‑100 (MQ=25) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt < 2:1673855/100‑1 (MQ=17) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt < 2:2990712/100‑1 (MQ=18) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt > 2:1835693/1‑100 (MQ=25) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTAATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt > 1:3001584/1‑100 (MQ=255) gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt > 1:914781/1‑100 (MQ=18) gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt > 2:1855468/1‑100 (MQ=17) tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa > 2:2818447/1‑100 (MQ=18) tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa > 1:2145668/1‑100 (MQ=18) aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg > 2:3653035/1‑100 (MQ=18) ggAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGANTTAGNAANGNGTTANATATGATNTAGNTGACAATTTTTANCTTGGGTGTTCTTAAAGt > 2:2845913/1‑100 (MQ=11) ggAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt < 1:3064758/100‑1 (MQ=18) ggAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt > 1:3083598/1‑100 (MQ=17) gAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGtt < 1:806845/100‑1 (MQ=14) gAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt < 1:1461455/99‑1 (MQ=14) aGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTc < 2:1362177/100‑1 (MQ=14) aGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTc < 2:1361983/100‑1 (MQ=14) gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg > 2:2852826/1‑100 (MQ=11) gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg < 2:1733836/100‑1 (MQ=11) gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg < 2:3029021/100‑1 (MQ=11) cGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGt < 2:3036880/100‑1 (MQ=1) gAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTa < 2:3258717/100‑1 (MQ=38) tataGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGtata > 2:765112/1‑100 (MQ=33) tAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAgg < 2:4269150/100‑1 (MQ=32) aTGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTg > 2:1737378/1‑100 (MQ=33) tttttATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGgcg < 1:765110/100‑1 (MQ=38) | GCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCG > NC_000913/1434362‑1434550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |