| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,720,828 | C→T | 53.8% | intergenic (‑4/‑197) | slyA ← / → ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,828 | 0 | C | T | 53.8% | 11.4 / 173.3 | 128 | intergenic (‑4/‑197) | slyA/ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/25); new base T (40/29); total (74/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCG > NC_000913/1720729‑1720927 | ggTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTc > 2:649190/1‑100 (MQ=255) ttGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTAtc < 1:1318601/100‑1 (MQ=255) ttGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTAtc < 2:1526019/100‑1 (MQ=255) gtgtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCAtctc > 2:1725922/1‑100 (MQ=255) tgtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTcc > 1:681071/1‑100 (MQ=255) gtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCt > 1:3721785/1‑100 (MQ=255) gtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCt > 1:966153/1‑100 (MQ=255) ttAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCtt < 2:2767324/100‑1 (MQ=255) tAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTCGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTta > 1:3984280/1‑100 (MQ=255) tAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTta < 1:1614780/100‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTtata > 2:2845259/1‑100 (MQ=255) cTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATaa > 2:3754267/1‑100 (MQ=255) cTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATaa > 2:2908464/1‑100 (MQ=255) tCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAAt < 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1:3003640/100‑1 (MQ=255) cGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGata < 2:3917828/100‑1 (MQ=255) gATGCTCTATCAGAGCACGCAATATGCGCACCAACCTTGCCAGATTTGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTTCTAAGa < 1:1417018/97‑1 (MQ=255) tGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGAtatta < 2:1641212/100‑1 (MQ=255) tGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGAtatta < 1:2116906/100‑1 (MQ=255) gTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATg > 1:1207705/1‑100 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc < 2:1640745/100‑1 (MQ=255) cTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTCAGATATTATGCg < 2:2810051/100‑1 (MQ=255) cTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCg < 2:4015023/100‑1 (MQ=255) cTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCg > 2:3060497/1‑100 (MQ=255) tATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCgg > 2:462221/1‑100 (MQ=255) cAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtt > 1:2615576/1‑100 (MQ=255) cAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAAGTTTATCTCCTTATAATGAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtt < 1:219840/100‑1 (MQ=255) cAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAAATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtt > 2:4059417/1‑100 (MQ=255) gagCACGCCATATGCGCACCAATCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtttt < 1:1543694/100‑1 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtttt > 1:540412/1‑99 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtttt < 1:2094704/99‑1 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGACAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTa > 2:2590410/1‑100 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 2:187054/100‑1 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg > 2:3355572/1‑100 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt > 1:3039897/1‑100 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt > 2:1389454/1‑100 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt > 1:481830/1‑100 (MQ=255) 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aaCCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTg > 2:2257039/1‑100 (MQ=255) gTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTAtt > 1:3747685/1‑100 (MQ=255) tGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTg > 1:618366/1‑100 (MQ=255) ccAGATCAGGACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt > 1:1562874/1‑100 (MQ=255) ccAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt > 2:4107914/1‑100 (MQ=255) ccAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt < 2:2506218/100‑1 (MQ=255) ccAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt > 2:3289297/1‑100 (MQ=255) ccAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt > 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aTTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGtt > 1:960662/1‑100 (MQ=255) ttCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAc > 2:3211436/1‑100 (MQ=255) ttCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAc < 1:885318/100‑1 (MQ=255) cATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCg > 2:2348550/1‑100 (MQ=255) | GGTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCG > NC_000913/1720729‑1720927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |