| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076 | (A)7→8 | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 90.3% | 344.8 / 28.9 | 103 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/6); new base A (41/52); total (45/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑A‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCACTGT > NC_000913/1529970‑1530167 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑Tg < 1:1826407/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑Tg > 2:1508030/1‑100 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑Tg < 1:1538887/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑Tg < 1:2047427/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑Tg < 2:530514/100‑1 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a > 2:253168/1‑100 (MQ=255) tATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACAAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaa > 2:1933499/1‑100 (MQ=255) tttGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑a < 1:1275932/100‑1 (MQ=255) gatcctgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑a < 1:1732641/95‑1 (MQ=255) ttgttgTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAGAGAGCGTTCAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑aa > 2:1574668/1‑100 (MQ=255) ttgttgTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑aa > 1:1325693/1‑100 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑aaat < 2:15297/100‑3 (MQ=255) ttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑a‑aaaa‑aaata < 1:1933506/100‑4 (MQ=255) 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tGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TAAA‑AAAA‑AATATTATTTATaa < 2:475139/100‑1 (MQ=255) ggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATaaaa < 1:2179702/100‑1 (MQ=255) ggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATaaa > 2:681070/1‑99 (MQ=255) gTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAaat > 1:329787/1‑100 (MQ=255) ttGATAACAATTCAAATTCTGACATCTTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAaataa < 1:1364485/100‑1 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAAtaatt > 1:1056466/1‑100 (MQ=255) aTAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAAtaatta > 2:782843/1‑100 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAAtaattaat < 1:1508034/100‑1 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAAtaattaat > 1:1397341/1‑100 (MQ=255) aaCAATTAAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGTGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑A‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:1956071/100‑1 (MQ=255) aaaaTTCAAATTCTGACATCTAATTTTATGAACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAAATATAAAAATC‑AAAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:1453510/98‑1 (MQ=255) aCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATg < 1:1135624/100‑1 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAc > 1:1435373/1‑100 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAc < 2:162824/100‑1 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAc > 1:1695614/1‑100 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAc > 1:518113/1‑100 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑A‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc > 1:1628137/1‑100 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc < 1:1242681/100‑1 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc > 1:1140037/1‑100 (MQ=255) ttCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCa > 2:1391144/1‑100 (MQ=255) cAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCaaa > 2:1716586/1‑100 (MQ=255) 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cTTTC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACg < 1:881570/100‑1 (MQ=255) tttC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc > 1:292413/1‑100 (MQ=255) ttC‑TGAA‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCa > 1:1049250/1‑100 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTC‑TG‑A‑AAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCACTGT > NC_000913/1529970‑1530167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |