| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306 | (T)7→8 | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 95.6% | 321.6 / 6.8 | 91 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base T (46/41); total (47/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAT > NC_000913/1712201‑1712391 | aTCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt > 1:1670072/1‑100 (MQ=255) tCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt > 1:271050/1‑100 (MQ=255) ntctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt > 1:2308409/2‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt > 1:631277/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt < 2:1414461/100‑1 (MQ=255) tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttt < 1:1812874/100‑1 (MQ=255) ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACAAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttt < 2:29417/100‑1 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttt < 1:2335411/100‑2 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAAAGTCAATTATGCCATTGCTTAGCGTTATTATCAGGTAATCCGTTTGCGCATAACCAAAAATGCAGGTTAAttt‑tttttttt < 1:350231/100‑2 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttta < 2:1935660/100‑3 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttta < 1:2268277/100‑3 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTACTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttta < 2:1935322/100‑3 (MQ=255) ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaa < 1:306152/100‑4 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaat < 1:946566/100‑5 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaan < 2:1448450/100‑5 (MQ=255) aCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCg < 2:1004262/100‑1 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGa > 1:877590/1‑100 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGa > 1:182177/1‑100 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGa > 2:2268310/1‑100 (MQ=255) tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGaaa < 2:1460272/100‑1 (MQ=255) cTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAgatcgga > 1:544631/1‑94 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAAttttn < 1:861358/100‑2 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 2:182175/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:1181410/100‑1 (MQ=255) atcGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTa < 1:1211936/98‑1 (MQ=255) aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 2:1903549/100‑1 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:1880479/1‑100 (MQ=255) gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 2:1118729/1‑100 (MQ=255) gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 2:1778447/1‑100 (MQ=255) gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 2:2077895/1‑100 (MQ=255) tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattca > 2:902192/1‑100 (MQ=255) cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcat < 2:1908235/100‑1 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 2:707480/100‑1 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 1:710584/100‑1 (MQ=255) atgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTg < 2:588151/100‑1 (MQ=255) tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa < 2:2236347/100‑1 (MQ=255) 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atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 2:537850/100‑1 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 2:631276/100‑1 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc > 1:194356/1‑100 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAATCAACAATGCAGGTTAATTTTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 1:610954/99‑1 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc > 2:1177076/1‑100 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc < 2:1338944/99‑1 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 1:2132869/100‑1 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGCCGCa > 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gTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:717013/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:1213583/1‑100 (MQ=255) ttAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAt < 1:720388/100‑1 (MQ=255) ttAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAt > 1:1491525/1‑100 (MQ=255) | TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAT > NC_000913/1712201‑1712391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |