| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 419,868 | T→A | V93E (GTG→GAG) | brnQ → | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 419,868 | 0 | T | A | 96.1% | 170.9 / ‑3.4 | 51 | V93E (GTG→GAG) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (27/22); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTA > NC_000913/419772‑419964 | tGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAggg < 1:1919702/100‑1 (MQ=255) aaaGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCg > 2:552833/1‑100 (MQ=255) ttGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTAc < 1:351876/100‑1 (MQ=255) ggcggcGGTGTTGACAGCCCAAGCACGCATATAGGTCAAGTCGCTGGCGTCCTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCAGTGGGGCTGCttttt < 2:191912/93‑2 (MQ=255) gcggTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCcgcg < 1:1619372/100‑1 (MQ=255) cggTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCcgcg < 1:1362711/99‑1 (MQ=255) ggTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTa > 1:1329107/1‑100 (MQ=255) tGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCt > 1:858725/1‑100 (MQ=255) tGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCt > 1:1788830/1‑100 (MQ=255) cAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTAcc < 1:1442988/100‑1 (MQ=255) cAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTAcc < 1:295729/100‑1 (MQ=255) cAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTAcc < 2:1853099/100‑1 (MQ=255) aGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCAGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCg < 2:1250675/100‑1 (MQ=255) ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGtt < 1:1323000/100‑1 (MQ=255) ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGtt > 2:844716/1‑100 (MQ=255) ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGtt > 1:2046905/1‑100 (MQ=255) ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGtt > 1:1839108/1‑100 (MQ=255) cTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGttt < 2:1135720/100‑1 (MQ=255) tCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTc > 2:479633/1‑100 (MQ=255) tCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTc > 1:1330351/1‑100 (MQ=255) aGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCt < 1:2329299/100‑1 (MQ=255) aCGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTg < 2:1109545/100‑1 (MQ=255) tCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTggg < 1:1138697/100‑1 (MQ=255) ggTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGa > 1:547277/1‑100 (MQ=255) ggTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTCTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTggg < 2:616409/98‑1 (MQ=255) gTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGAt < 2:1541989/100‑1 (MQ=255) gTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGAt < 1:552834/100‑1 (MQ=255) gTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGAt > 1:1261743/1‑100 (MQ=255) tAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGAtt > 1:1716489/1‑100 (MQ=255) aGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGCAGTGGGGATTgcg > 2:2068025/1‑100 (MQ=255) cGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGcgccg > 1:1918003/1‑100 (MQ=255) cTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCt > 2:779349/1‑100 (MQ=255) cTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCt < 2:1479221/100‑1 (MQ=255) aCTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGt > 2:908842/1‑100 (MQ=255) gctgGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGAt > 1:122438/1‑100 (MQ=255) gctgGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGAt > 2:1872219/1‑100 (MQ=255) gctgGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCGTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGAt > 2:25166/1‑100 (MQ=255) tgGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGAt > 2:2102122/1‑98 (MQ=255) ggCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTcc > 1:1829109/1‑100 (MQ=255) ggCAACGGTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTc > 2:155869/1‑99 (MQ=255) gTTTGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGc < 1:306661/100‑1 (MQ=255) tGTTACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGc > 1:1394901/1‑100 (MQ=255) ttACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTg > 2:1146531/1‑100 (MQ=255) tACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGt > 2:2295030/1‑100 (MQ=255) tACCTGGCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGt > 2:2295039/1‑100 (MQ=255) ggCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATc > 1:2257466/1‑100 (MQ=255) ggCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATc < 2:718162/100‑1 (MQ=255) ggCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATc < 2:1329104/100‑1 (MQ=255) ggCGGAGGGGCAGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATc < 1:155871/100‑1 (MQ=255) gCGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGTCGCTGTTTATCt < 1:1539320/100‑1 (MQ=255) cGGAGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTa > 1:1745880/1‑100 (MQ=255) | TGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTA > NC_000913/419772‑419964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |