| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,603,361 | A→G | intergenic (‑503/‑116) | yjjP ← / → yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,603,361 | 0 | A | G | 98.4% | 442.7 / ‑4.5 | 124 | intergenic (‑503/‑116) | yjjP/yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (63/58); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGA > NC_000913/4603265‑4603457 | ttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAg < 2:815947/100‑1 (MQ=255)ttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAg < 1:144601/100‑1 (MQ=255) aaaTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTg < 2:851399/100‑1 (MQ=255) gTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATg < 1:1369792/100‑1 (MQ=255) gTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATg > 2:177135/1‑100 (MQ=255) tctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGc < 2:1701714/100‑1 (MQ=255) tcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTa < 2:345215/100‑1 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGATACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTaa < 2:1172232/100‑1 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTaa > 2:187258/1‑100 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTaa > 2:88598/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGTGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGAGAATGCTAAg > 1:124850/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAg < 1:2011600/100‑1 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAg > 1:479438/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAg < 1:1016797/100‑1 (MQ=255) aGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAgg < 1:804525/100‑1 (MQ=255) tATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATaa > 1:1910195/1‑100 (MQ=255) ttCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAAttt < 2:1794136/100‑1 (MQ=255) ccAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTAttn < 2:362130/100‑2 (MQ=255) ccAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTc > 2:489625/1‑100 (MQ=255) ccAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTc < 2:2265556/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt < 1:2176283/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt < 1:623337/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt > 2:884552/1‑100 (MQ=255) tATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTaa < 1:884554/100‑1 (MQ=255) aTCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGGGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAAt < 1:291628/100‑1 (MQ=255) cATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCt > 1:698729/1‑100 (MQ=255) cATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCt < 1:114117/100‑1 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGCTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt < 1:1642749/100‑1 (MQ=255) ttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAtt < 2:1128948/100‑1 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:2313889/1‑100 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:124209/1‑100 (MQ=255) cTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTg > 2:157821/1‑100 (MQ=255) cTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTg < 2:73095/100‑1 (MQ=255) cTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATATCTTAATTTg > 1:427982/1‑100 (MQ=255) tAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGc > 2:1754838/1‑100 (MQ=255) aaCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCt < 2:479436/100‑1 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg > 2:802063/1‑100 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg < 1:177137/100‑1 (MQ=255) ttCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGaa < 1:1918463/100‑1 (MQ=255) tCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATAGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg < 2:588475/96‑1 (MQ=255) gACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAt > 1:1901048/1‑100 (MQ=255) gACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAt < 2:439271/100‑1 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt > 1:953394/1‑100 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt > 2:1991/1‑100 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt < 1:489627/100‑1 (MQ=255) acaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTa < 2:1248863/100‑1 (MQ=255) caTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTaa > 2:291524/1‑100 (MQ=255) caTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTaa > 2:291921/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg > 1:753991/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg > 2:578800/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg > 2:956628/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg > 1:1438538/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg > 1:1807868/1‑100 (MQ=255) ccgatctaGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGCAACATTTAAGga < 1:1531138/93‑1 (MQ=255) cAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaa < 2:753990/100‑1 (MQ=255) aGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaat < 2:544953/100‑1 (MQ=255) aGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTGAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaat < 2:1540826/100‑1 (MQ=255) gTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatg > 2:1309980/1‑100 (MQ=255) ggAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaa < 2:698728/100‑1 (MQ=255) gAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaat < 2:1720364/100‑1 (MQ=255) gAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaat > 2:630634/1‑100 (MQ=255) aGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaagatcgg > 2:355076/1‑94 (MQ=255) aGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATAGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAGGgaagatcgg > 2:1531134/1‑94 (MQ=255) ttgttgTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATc > 1:1839049/1‑100 (MQ=255) tgttgtGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATcc > 1:2233116/1‑100 (MQ=255) gttgtGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCt > 1:904562/1‑100 (MQ=255) ttgtGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTg > 2:1698325/1‑100 (MQ=255) ttgtGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTg < 1:1769846/100‑1 (MQ=255) tgtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGa > 2:1591830/1‑100 (MQ=255) tgCAGCAGGAGTATGCTGATATGATAGTTAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAAt < 2:22990/100‑1 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGagat > 1:1938626/1‑97 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa > 1:1079780/1‑100 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATAAGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa > 2:1428774/1‑100 (MQ=255) cagcagGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATaa > 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gATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttttt < 2:137008/100‑1 (MQ=255) gATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttttt < 1:1309983/100‑1 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 1:157823/100‑1 (MQ=255) tatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg < 1:88600/100‑1 (MQ=255) | TTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGA > NC_000913/4603265‑4603457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |