| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,197,739 | A→G | S167P (TCC→CCC) | ymfE ← | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,197,739 | 0 | A | G | 97.5% | 403.2 / ‑0.4 | 120 | S167P (TCC→CCC) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (73/43); total (75/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GAGAATGATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGAAATTAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATAATGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTC > NC_000913/1197645‑1197838 | gagaATGATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTa > 1:1238511/1‑100 (MQ=255) aaTGATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTAATg < 2:116078/100‑1 (MQ=255) tGATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTAATGCa > 1:324561/1‑100 (MQ=255) gATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTAATGCaa > 2:1621296/1‑100 (MQ=255) gATAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTAATGCaa > 1:489389/1‑100 (MQ=255) aTAAAATTACAAAAAAGAATAAAGACAGCAAAGAACCTTCAACATGAAAAATATCCATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGGAATTAATGCAAt > 1:836882/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |