Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,292,944 | T→C | intergenic (‑22/‑583) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,292,944 | 0 | T | C | 98.7% | 285.2 / ‑4.5 | 79 | intergenic (‑22/‑583) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (37/41); total (38/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
CGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGC > NC_000913/1292848‑1293040 | cGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTgg < 2:661013/100‑1 (MQ=255) tttCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTgggg < 2:1966443/100‑1 (MQ=255) cAAGTGTACATTCTCTTTCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTCCGCCCATTGTAGTAATCTCAAACGTATACTGGggagg > 2:2245234/1‑100 (MQ=255) cAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGggtgg < 1:941854/100‑1 (MQ=255) cAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGggtgg > 1:285550/1‑100 (MQ=255) aGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGtt < 1:1916557/100‑1 (MQ=255) gtgtACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGttt > 1:1969307/1‑100 (MQ=255) gtgtACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGttt < 1:171355/100‑1 (MQ=255) gtACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgt > 2:1947842/1‑100 (MQ=255) aCATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTCCGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgtt > 2:957070/1‑99 (MQ=255) aCATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgttg > 2:1592947/1‑100 (MQ=255) aCATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgttg < 1:2110978/100‑1 (MQ=255) cATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGa > 2:462372/1‑100 (MQ=255) aTTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAg < 1:1294710/100‑1 (MQ=255) aTTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAg < 2:176887/100‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 2:1969300/100‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 2:460796/100‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 1:1281323/100‑1 (MQ=255) tctcTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGt < 2:2212669/100‑1 (MQ=255) ctctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGta > 2:1695982/1‑100 (MQ=255) tctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaa < 1:988700/100‑1 (MQ=255) ctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaat < 2:578061/100‑1 (MQ=255) ctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaat < 2:2139687/100‑1 (MQ=255) tGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATaga > 2:834608/1‑100 (MQ=255) gcgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATagag < 1:1829391/100‑1 (MQ=255) cgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGc > 1:372268/1‑100 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc > 1:1720650/1‑100 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc < 1:1002586/100‑1 (MQ=255) cACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCt < 1:1384121/100‑1 (MQ=255) aCGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCtt > 1:148170/1‑100 (MQ=255) cGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTa < 1:153086/100‑1 (MQ=255) cGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTa < 1:542278/100‑1 (MQ=255) cGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTa < 2:604128/100‑1 (MQ=255) gAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTaa > 2:235775/1‑100 (MQ=255) aaGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTaaa > 1:2229565/1‑100 (MQ=255) aaGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTaaa < 2:936081/100‑1 (MQ=255) agagTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAAt < 2:879117/100‑1 (MQ=255) gTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCa > 2:570688/1‑100 (MQ=255) cGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGtt < 1:1249911/100‑1 (MQ=255) aTGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTtgtg < 1:1263864/100‑1 (MQ=255) aTGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTtgtg > 1:1615728/1‑100 (MQ=255) tgttgtTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGc < 1:1108267/100‑1 (MQ=255) tgttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAAt < 1:839659/100‑1 (MQ=255) tgttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAAt < 1:2274551/100‑1 (MQ=255) ttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAg < 2:372266/100‑1 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGcc > 2:1984241/1‑100 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGcc > 1:1173680/1‑100 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa < 1:957072/100‑1 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa < 1:1516273/100‑1 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa > 1:694883/1‑100 (MQ=255) gAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAg > 1:1057343/1‑100 (MQ=255) ttttAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGaa < 1:1947849/100‑1 (MQ=255) tAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAAGAGAGCATTAAATTCGGTTGTGCAATAGCCAGGAATGt > 2:1573621/1‑100 (MQ=255) aGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTaa < 2:1858209/100‑1 (MQ=255) gCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGa < 2:1615723/100‑1 (MQ=255) cTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGaa > 2:1391881/1‑100 (MQ=255) cTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGaa > 1:746218/1‑100 (MQ=255) tCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAAtt > 2:182243/1‑100 (MQ=255) cGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTc > 2:414064/1‑100 (MQ=255) cGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTc > 2:1498788/1‑100 (MQ=255) cTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCaa > 1:1870057/1‑100 (MQ=255) cATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCaaaa > 1:1005725/1‑100 (MQ=255) cATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCaaaa > 2:678738/1‑100 (MQ=255) cttagtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTg < 2:1868861/98‑1 (MQ=255) gtagtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGt < 1:1592952/100‑1 (MQ=255) gtagtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGt < 1:1498792/100‑1 (MQ=255) tagtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTgag > 1:1868867/1‑98 (MQ=255) agtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTc < 1:1929388/100‑1 (MQ=255) agtaATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTc < 1:834610/100‑1 (MQ=255) aTCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTa > 2:348777/1‑100 (MQ=255) ctcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtt > 1:1883269/1‑100 (MQ=255) ctcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtt > 1:616395/1‑100 (MQ=255) ctcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtt > 2:1047152/1‑100 (MQ=255) tcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt > 1:1239298/1‑100 (MQ=255) tcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt > 1:425074/1‑100 (MQ=255) aaCTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTtgt > 1:1953959/1‑100 (MQ=255) aCTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTtgtg < 1:1391884/100‑1 (MQ=255) cTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgc > 2:1855150/1‑100 (MQ=255) ttATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgcc < 2:1953952/100‑1 (MQ=255) atacTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATCGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgcc > 2:2196106/1‑98 (MQ=255) atacTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgccgc > 1:88934/1‑100 (MQ=255) | CGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGC > NC_000913/1292848‑1293040 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |