Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,720,828 | C→T | intergenic (‑4/‑197) | slyA ← / → ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,720,828 | 0 | C | T | 97.6% | 287.7 / ‑2.1 | 83 | intergenic (‑4/‑197) | slyA/ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (35/46); total (37/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
TTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGG > NC_000913/1720732‑1720921 | ttGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTAtc > 2:572203/1‑100 (MQ=255) gtgtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTAtctc > 2:821983/1‑100 (MQ=255) tgtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTcc > 2:2337149/1‑100 (MQ=255) tgtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTcc > 1:433915/1‑100 (MQ=255) gtTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCt < 1:976548/100‑1 (MQ=255) tAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCtt > 2:963334/1‑99 (MQ=255) tAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTta < 1:823360/100‑1 (MQ=255) aaCTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTtat > 2:1126350/1‑100 (MQ=255) aaCTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTtat > 2:1071127/1‑100 (MQ=255) cTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATaa > 1:142365/1‑100 (MQ=255) tcttccgatctCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAAt < 1:2117379/90‑1 (MQ=255) ccAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAAtt > 1:788940/1‑100 (MQ=255) ccAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAAtt > 2:369093/1‑100 (MQ=255) ccAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAAtt < 1:1396520/100‑1 (MQ=255) cAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTa > 1:1911798/1‑100 (MQ=255) tcttttCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCt < 1:600877/97‑1 (MQ=255) tttCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCtaga > 2:600876/1‑97 (MQ=255) aGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAg < 1:2200119/100‑1 (MQ=255) ggCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGa > 1:1057241/1‑100 (MQ=255) ggCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGa < 1:1258265/100‑1 (MQ=255) ggCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGa > 1:645938/1‑100 (MQ=255) gCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGat < 1:283244/100‑1 (MQ=255) tGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGAtatta < 2:1212442/100‑1 (MQ=255) tGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCAATTCCAATTTTATCTCCTTATAACTAGCTTGCTAAGAtatta < 1:258019/100‑1 (MQ=255) gTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGAtattat > 1:1033930/1‑99 (MQ=255) tctcttagagCCCGCCATTTGCGCACCAACCGTTCCATATTAGAACCTAGTGGCGTTTCTAATTTTATCTCCTTATAATTATCTTGCTAAGATATTATg < 2:2048499/93‑1 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc > 2:1997849/1‑100 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc > 2:146937/1‑100 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc > 2:626944/1‑100 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc > 1:222320/1‑100 (MQ=255) cTATCAGAGCAGGCCATATGCGCACCACCCGGGCAAGAGAAAGACGTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTGTAATTAGCTTGGTAAGATATTATGc < 1:1157269/99‑1 (MQ=255) tATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCgg > 1:769192/1‑100 (MQ=255) aTCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGc < 1:1126352/100‑1 (MQ=255) aTCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGc > 2:396679/1‑100 (MQ=255) tCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCt < 2:2010468/100‑1 (MQ=255) agagCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCttt > 1:2311968/1‑100 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTa < 2:1273264/100‑1 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTa < 1:710817/100‑1 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTa < 1:2024651/100‑1 (MQ=255) agCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTa < 1:1796397/100‑1 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 2:1911791/100‑1 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 1:2171898/100‑1 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 1:849415/100‑1 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 1:1164125/100‑1 (MQ=255) cACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGa < 2:1792221/100‑1 (MQ=255) cACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGa < 1:841922/100‑1 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt < 2:1650942/100‑1 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt < 2:1093643/100‑1 (MQ=255) ccATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAg < 2:1057239/100‑1 (MQ=255) natatGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgt > 2:1435612/2‑100 (MQ=255) atatGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgtg < 2:1758839/100‑1 (MQ=255) tatGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgtgt > 1:538864/1‑100 (MQ=255) tGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgc < 1:369095/100‑1 (MQ=255) cgcACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgcag > 1:2205493/1‑100 (MQ=255) cACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgcagca > 1:862542/1‑100 (MQ=255) cACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgcagca > 1:2258867/1‑100 (MQ=255) ccAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCaan < 1:1435616/100‑2 (MQ=255) cAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAAtt < 1:247430/100‑1 (MQ=255) aaCCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTg < 2:2212877/100‑1 (MQ=255) cGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTAt < 1:821985/100‑1 (MQ=255) tGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTg < 1:1764925/100‑1 (MQ=255) ccAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCt > 1:186279/1‑100 (MQ=255) cAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTa > 1:1790959/1‑100 (MQ=255) gATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTaaa < 2:862540/100‑1 (MQ=255) gATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTaaa < 2:898717/100‑1 (MQ=255) gATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTaaa < 1:533405/100‑1 (MQ=255) aTCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTaaaa > 2:50431/1‑100 (MQ=255) aGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACaa > 1:194884/1‑100 (MQ=255) aaCCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAAt < 1:572204/100‑1 (MQ=255) cTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTa < 1:1071129/100‑1 (MQ=255) aGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTAtt < 1:2084357/100‑1 (MQ=255) aGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTAtt < 2:2282956/100‑1 (MQ=255) gTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtg > 1:1383458/1‑100 (MQ=255) tGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgc < 1:50433/100‑1 (MQ=255) ggCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgct < 2:1272628/100‑1 (MQ=255) ggCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgct > 2:23337/1‑100 (MQ=255) ggCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgct > 2:2145880/1‑100 (MQ=255) gCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgctg > 2:1905032/1‑100 (MQ=255) cGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgctgc < 2:2205485/100‑1 (MQ=255) cGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATtgctgc < 2:2009282/100‑1 (MQ=255) tCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCAttt < 1:2337158/100‑1 (MQ=255) tCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCAttt > 1:266568/1‑100 (MQ=255) cAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTgg > 2:1068354/1‑100 (MQ=255) | TTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGG > NC_000913/1720732‑1720921 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |