| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,704,719 | G→T | P15T (CCG→ACG) | dppC ← | dipeptide/heme ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,704,719 | 0 | G | T | 98.8% | 286.7 / ‑3.5 | 81 | P15T (CCG→ACG) | dppC | dipeptide/heme ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (36/44); total (37/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
CGCGATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAG > NC_000913/3704624‑3704815 | cgcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCAcc < 2:9561/100‑1 (MQ=255)cgcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCAcc < 2:700604/100‑1 (MQ=255) gcgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCg > 1:406224/1‑100 (MQ=255) cgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCgg < 2:753114/100‑1 (MQ=255) cgATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCgg > 2:2040157/1‑100 (MQ=255) aaCAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTgcgc < 2:1410610/100‑1 (MQ=255) aCAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCt > 1:984351/1‑100 (MQ=255) aCAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCt < 1:356977/100‑1 (MQ=255) cAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTa > 2:1121774/1‑100 (MQ=255) aGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTaa > 2:1538157/1‑100 (MQ=255) aGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTGGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTaa < 1:2184406/100‑1 (MQ=255) gCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAAt > 1:1323645/1‑100 (MQ=255) cACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATc < 2:1227766/100‑1 (MQ=255) cACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATc < 2:1681260/100‑1 (MQ=255) aCGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATc < 1:2244196/99‑1 (MQ=255) cGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCAc > 2:1480113/1‑100 (MQ=255) cGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCAc > 2:306070/1‑100 (MQ=255) acgacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAt > 2:538043/1‑100 (MQ=255) cgacgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAtt > 2:1063777/1‑100 (MQ=255) acgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAtttt > 2:1551307/1‑100 (MQ=255) acgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTAtttt < 2:2067211/100‑1 (MQ=255) cgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTc < 1:1378928/100‑1 (MQ=255) cgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTc < 1:1551311/100‑1 (MQ=255) cgTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTc < 2:2175636/100‑1 (MQ=255) tAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAg < 2:2237290/100‑1 (MQ=255) aaaCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTTACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGt < 1:1432835/100‑1 (MQ=255) aaCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTa > 1:1482287/1‑100 (MQ=255) aCCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTaa > 1:849670/1‑100 (MQ=255) cAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAAcc < 1:427325/100‑1 (MQ=255) cAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAAcc < 2:406222/100‑1 (MQ=255) gCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCtg < 2:773001/100‑1 (MQ=255) ccGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCtgtg > 2:411111/1‑100 (MQ=255) cgacgaCCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGa < 1:950688/100‑1 (MQ=255) gacgacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGAc < 1:1121776/100‑1 (MQ=255) gacCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatg < 2:473979/100‑1 (MQ=255) acCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatga > 1:124902/1‑100 (MQ=255) ccGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatgat < 1:184776/100‑1 (MQ=255) cgcgCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACatgatg < 1:2137123/100‑1 (MQ=255) gcgcCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGt > 2:892053/1‑100 (MQ=255) ccTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTccc < 2:2061651/100‑1 (MQ=255) gttgCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTAc < 1:538045/100‑1 (MQ=255) ttgCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTAct > 1:1657537/1‑100 (MQ=255) ttgCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTAct < 1:1538161/100‑1 (MQ=255) tttAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTa < 2:1323642/100‑1 (MQ=255) tttAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTa > 1:553595/1‑100 (MQ=255) ttAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTAt < 1:1063779/100‑1 (MQ=255) ttAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTAt < 1:1166849/100‑1 (MQ=255) ttAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTAt > 1:797715/1‑100 (MQ=255) tAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATg > 1:208055/1‑100 (MQ=255) aaaaTAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGa < 2:1491271/100‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGAc < 1:963240/100‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGAc > 1:1273595/1‑100 (MQ=255) aGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAAt < 2:1657532/100‑1 (MQ=255) gTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATa < 1:1480117/100‑1 (MQ=255) ccAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATAcgc > 2:214068/1‑100 (MQ=255) aGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCgg > 1:812066/1‑100 (MQ=255) aGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCgg < 1:1251768/100‑1 (MQ=255) cTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTc > 2:1876236/1‑100 (MQ=255) cTCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTc > 1:1980974/1‑100 (MQ=255) tCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTca < 2:1266516/100‑1 (MQ=255) tCCTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTca < 2:2106517/100‑1 (MQ=255) ccTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcac > 2:984701/1‑100 (MQ=255) ccTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcac > 1:2327720/1‑100 (MQ=255) ccTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcac > 1:374060/1‑100 (MQ=255) cTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcacc < 2:984349/100‑1 (MQ=255) cTGTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcacc > 1:508330/1‑100 (MQ=255) gTAACGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTcaccac > 2:1440552/1‑100 (MQ=255) tctgggTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGcc < 2:260662/97‑1 (MQ=255) aCGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGcc < 2:203964/100‑1 (MQ=255) cGGGGTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCg > 2:2296933/1‑100 (MQ=255) ggggTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGt > 2:2179610/1‑100 (MQ=255) gggTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGccaga > 1:260664/1‑97 (MQ=255) ggTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAc < 1:214070/100‑1 (MQ=255) gatCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAc < 2:1432312/98‑1 (MQ=255) gTCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAca > 1:1062899/1‑100 (MQ=255) tCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcag < 1:2094325/100‑1 (MQ=255) tCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcag < 1:2094342/100‑1 (MQ=255) tCATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCCGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcag < 1:306072/100‑1 (MQ=255) cATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc > 2:725917/1‑100 (MQ=255) cATCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagc > 2:2204214/1‑100 (MQ=255) tCGTCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTAcagcag > 1:2337610/1‑100 (MQ=255) | CGCGATGAACAGCACGATGACGACGTAAACCAGCCCGACGACCGCGCCTTTGTTGCGTTTAAAATAGTGCCAGAACTCCTGTAACGGGGTCATCGGCACCGGTGCGCTAATCACTTTATTTTCAGTAACCTGTGACATGATGTCCCCTTACTTCTTATGACGAATACGCGGGTTCACCACGCCGTACAGCAG > NC_000913/3704624‑3704815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |