| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,414,756 | (T)6→5 | 100% | coding (38/810 nt) | recT ← | Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,414,751 | 0 | T | . | 58.1% | 44.4 / 249.6 | 124 | coding (43/810 nt) | recT | Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base . (29/43); total (54/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGAAGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCATTCA > NC_000913/1414654‑1414849 | ggAAGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGttt > 2:899735/1‑100 (MQ=255) gagCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgc < 1:1211551/100‑3 (MQ=255) gagCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgc < 1:3939266/100‑3 (MQ=255) gagCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTg < 1:3725401/100‑1 (MQ=255) agCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgc > 2:1058925/1‑97 (MQ=255) agCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGc < 2:2260576/100‑1 (MQ=255) gctgctGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgcag > 2:1186491/1‑96 (MQ=255) ctgctgCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAg > 2:2957518/1‑100 (MQ=255) gctgcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATc < 1:1467641/100‑1 (MQ=255) gcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGAt > 2:2662220/1‑96 (MQ=255) gcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGc > 1:55067/1‑100 (MQ=255) cAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTACTAAAACTAATCACTTCGCTATTTTTAACTGCTGCTAGTGAACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCt > 2:755510/1‑99 (MQ=255) gTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCttt < 2:3519259/100‑1 (MQ=255) ttGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCtttt < 1:2768697/100‑1 (MQ=255) tGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGc < 1:406842/100‑1 (MQ=255) tGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGc < 1:2446360/100‑1 (MQ=255) tGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGc > 2:2176361/1‑100 (MQ=255) gCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGTACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGc < 1:2336532/100‑1 (MQ=255) ctctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCg > 1:3588927/1‑100 (MQ=255) ctctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGa > 1:2848450/1‑100 (MQ=255) tctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGAt < 1:3739784/100‑1 (MQ=255) tctTTCATGGATGGCTGGTTAATAAAACTAATTGGGTCGCGATTTTTAACTGCTGTTGGTTCATGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATTGGCTTTTGCGa < 2:2172059/99‑1 (MQ=255) tttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTATCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGAtt < 2:4111277/99‑1 (MQ=255) tttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtg > 2:2915932/1‑100 (MQ=255) ttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCGCGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtgg < 2:902064/100‑1 (MQ=255) ttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtg > 2:3715524/1‑100 (MQ=255) cATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggt < 1:1746869/100‑1 (MQ=255) cATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtg > 2:2184849/1‑100 (MQ=255) cATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtg < 2:279015/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtg < 1:1085920/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtg < 1:3404438/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg < 2:551371/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTAGTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg < 2:1639475/100‑1 (MQ=255) ttGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg < 1:2637367/100‑1 (MQ=255) ttGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg > 2:3864472/1‑100 (MQ=255) ttGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTggtggt < 1:1367559/100‑1 (MQ=255) tGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGtt < 1:2557537/100‑1 (MQ=255) tGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGtt < 2:1543800/100‑1 (MQ=255) gATGTCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGtt < 2:3300615/100‑1 (MQ=255) gATGGCTGGTTATTAATACTACTCTCGTCGCT‑GTTTTCACTGCTGTTGTTGCACGTTTTCCCCGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGc < 2:1357801/100‑1 (MQ=255) gATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGtt > 1:8835/1‑100 (MQ=255) tGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGc > 2:657145/1‑100 (MQ=255) tGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGc < 1:3869172/100‑1 (MQ=255) ggCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCt > 1:2399064/1‑100 (MQ=255) ggCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCtt < 1:3008664/100‑1 (MQ=255) gCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCtt < 1:1743608/100‑1 (MQ=255) cTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTa > 1:2001618/1‑100 (MQ=255) ttAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCAt > 1:2972807/1‑100 (MQ=255) taataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCAtt > 2:597924/1‑100 (MQ=255) aataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCAtt > 1:950498/1‑100 (MQ=255) ataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTg > 2:4054673/1‑100 (MQ=255) aaaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCat > 2:2698717/1‑100 (MQ=255) aTCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGCTGCTTAGTCATTTGCATATTcc > 1:1781864/1‑99 (MQ=255) tCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCtt < 1:178675/100‑1 (MQ=255) cACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTa > 1:2366132/1‑100 (MQ=255) aCGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAg < 1:2839414/100‑1 (MQ=255) tCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGcc < 1:395620/100‑1 (MQ=255) gCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAg > 2:669092/1‑100 (MQ=255) cTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGc > 1:3414521/1‑100 (MQ=255) tATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTGCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGCTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGc < 2:2484735/100‑1 (MQ=255) aTTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGc > 2:2499176/1‑99 (MQ=255) ttttAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCggg > 1:655046/1‑100 (MQ=255) ttttAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCgggg > 1:3335894/1‑100 (MQ=255) tttAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGc > 1:1738421/1‑100 (MQ=255) tAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAg < 1:2625374/100‑1 (MQ=255) aaCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGCTTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCTAGCgg > 2:946748/1‑95 (MQ=255) aaCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGt > 1:551227/1‑100 (MQ=255) aCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGt < 2:2945582/100‑1 (MQ=255) ctgctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTgt > 2:3486033/1‑99 (MQ=255) tgctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGa < 1:4124913/100‑1 (MQ=255) gctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATa > 2:2266513/1‑100 (MQ=255) gctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTCAGCCCAGCGGGGCAGTGATa < 2:3812861/100‑1 (MQ=255) gctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTCAGCCCAGCGGGGCAGTGATa < 2:2520842/100‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATa > 1:1922795/1‑100 (MQ=255) ctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCTGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATaa < 1:2902426/100‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATaa < 1:1269302/100‑1 (MQ=255) tgctgGTGCACGGTTTCCTTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTACTCCTCTGCATGTTCATTTGCCCAGCGGGGCAgcgcat > 2:3928063/1‑93 (MQ=255) tgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAAt > 1:577520/1‑100 (MQ=255) tgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAAt < 1:2134725/100‑1 (MQ=255) gctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGTTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTTATAATg < 2:2404314/100‑1 (MQ=255) ggTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTTGCGAATGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCTGGGCTGTGATAATGTCt > 2:3477746/1‑100 (MQ=255) ggTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCTGTGATAATGTCt < 1:2715012/100‑1 (MQ=255) gTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCt > 1:1591847/1‑100 (MQ=255) tGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCtt < 1:803103/100‑1 (MQ=255) tGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCtt > 1:170836/1‑100 (MQ=255) gCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTa > 1:102184/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAAt > 2:1276981/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa < 1:2662236/100‑1 (MQ=255) aCGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa > 1:2069018/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa > 1:1475452/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa < 2:345241/100‑1 (MQ=255) cGGTTTCCCTGA‑TTTTTTGTAGATCGGCTTTTGCGATTGGTTGTTGGTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa < 2:3778168/99‑1 (MQ=255) gTTGCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCt < 2:3195671/100‑1 (MQ=255) cccTGAGTTTTTTTCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGc < 2:3342219/100‑1 (MQ=255) cccTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGc < 1:164779/100‑1 (MQ=255) ccTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGcc > 2:3720596/1‑100 (MQ=255) ccTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCa > 1:2362436/1‑100 (MQ=255) cTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCa < 1:2499190/100‑1 (MQ=255) cTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATCATGTCTTAATAGCTGGCCAt > 2:813516/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCATTCa > 1:932113/1‑100 (MQ=255) | GGAAGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCATTCA > NC_000913/1414654‑1414849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |