| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,560,731 | Δ1 bp | 100% | coding (199/1023 nt) | ddpB ← | D,D‑dipeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,560,728 | 0 | A | . | 52.1% | 160.0 / 217.9 | 94 | coding (202/1023 nt) | ddpB | D,D‑dipeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/21); new base . (21/28); total (45/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGATC > NC_000913/1560629‑1560827 | gCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTa < 2:1585123/100‑1 (MQ=255) cGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaa < 2:2786728/100‑1 (MQ=255) gTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaa < 1:2808600/100‑1 (MQ=255) tCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaac < 2:1497089/100‑2 (MQ=255) tCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaac < 2:2447108/100‑2 (MQ=255) gCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaactg > 2:3475504/1‑97 (MQ=255) gCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACt > 1:3578120/1‑100 (MQ=255) gCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGCAGCGGTaaactg < 1:2712402/100‑4 (MQ=255) gCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGATACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAAGTCGCTGACGTAGCGGTAAAAc > 2:614725/1‑99 (MQ=255) ccGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaactgt < 2:1265888/100‑5 (MQ=255) cGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGTATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaactgt < 2:2397034/99‑5 (MQ=255) cGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCCCCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGta < 2:2268298/100‑1 (MQ=255) gggAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGta > 1:29766/1‑100 (MQ=255) gggAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGta < 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aCGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCt < 1:4053988/100‑1 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCt > 1:1586995/1‑100 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCt > 1:1441212/1‑100 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTg > 1:895864/1‑100 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTg > 1:510453/1‑100 (MQ=255) cAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTgg < 1:1310010/100‑1 (MQ=255) cAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGt < 2:1324613/100‑1 (MQ=255) cAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGt < 2:1320765/100‑1 (MQ=255) aaCTCTTCCAGCACCGGTCGCGCGGTACGAATGGATGTTTCCAGGTCCCCATGAAACAGGTCGCTGACTTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGt < 1:1050812/100‑1 (MQ=255) cgatctCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTcc < 2:1266741/95‑1 (MQ=255) aCTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTcc < 2:1732212/100‑1 (MQ=255) ctctTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTcc < 1:2908597/100‑1 (MQ=255) ctctTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTcc < 1:3035210/100‑1 (MQ=255) ttCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAg > 2:1155909/1‑99 (MQ=255) tCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTc > 1:759783/1‑100 (MQ=255) ccAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAgatcg > 1:1266749/1‑96 (MQ=255) gCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGt < 2:604727/100‑1 (MQ=255) cACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGt > 2:426234/1‑100 (MQ=255) aCCGGCCGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGtt < 2:4058377/100‑1 (MQ=255) aCCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCACGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTg > 1:3219472/1‑100 (MQ=255) ggACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTg < 1:632910/100‑1 (MQ=255) gACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTgg < 1:3742802/100‑1 (MQ=255) aCGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGc < 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aaTGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTcc < 2:3334629/100‑1 (MQ=255) aaTGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCa > 1:2330570/1‑100 (MQ=255) aTGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAACACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCa > 2:2343002/1‑100 (MQ=255) tGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGGCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCAc < 2:1601315/100‑1 (MQ=255) tGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAg < 1:1490402/100‑1 (MQ=255) tGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTACACGATAg > 1:1629725/1‑100 (MQ=255) gTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAg > 1:1427522/1‑100 (MQ=255) gTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAg < 1:2670265/100‑1 (MQ=255) ttCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGc < 1:687828/100‑1 (MQ=255) ttCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGc > 2:3167498/1‑100 (MQ=255) cccAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCAt > 1:2694979/1‑100 (MQ=255) cccAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCAt > 2:1331612/1‑100 (MQ=255) cccAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCAt < 1:1146885/100‑1 (MQ=255) cAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCg > 1:3705529/1‑100 (MQ=255) cAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGc > 1:2230991/1‑100 (MQ=255) ggTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCt < 1:256990/100‑1 (MQ=255) ggTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTg > 1:2325674/1‑100 (MQ=255) gTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTgg < 1:288166/100‑1 (MQ=255) gTCACCATGAAACAGGTCGCGGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTg < 2:1113317/99‑1 (MQ=255) cACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGgcg > 1:2819362/1‑100 (MQ=255) ccATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGgcg > 2:1231887/1‑98 (MQ=255) ccATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGcgcg < 1:1997873/100‑1 (MQ=255) ccATGAAACAGGACGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGgcgc > 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gTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCa > 1:394869/1‑100 (MQ=255) gCTGACGTAGCGGT‑AAACTATACATACACTGGCTAGTCCAGTCCCAGTCGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCGGGCGCGGTCACCCGCCAGTa < 2:1677716/100‑1 (MQ=255) tGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAAc < 2:255214/100‑1 (MQ=255) gACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAAc > 1:2033242/1‑100 (MQ=255) gACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAAc > 1:2033243/1‑100 (MQ=255) gCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGcc > 2:3352327/1‑100 (MQ=255) cGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCg > 2:3441333/1‑100 (MQ=255) ggTAAAGCTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTGCCAGGTGCTGGCTAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTTACTGGCGGGTGACCGCGcca < 2:2602261/99‑2 (MQ=25) ggTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTTACTGGCGGGTGACCGCGccag < 1:3267887/100‑3 (MQ=37) ggTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCgg < 1:2029322/100‑1 (MQ=255) ggTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCgg > 1:1042513/1‑100 (MQ=255) gTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGa < 1:1915831/100‑1 (MQ=255) | GCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGATC > NC_000913/1560629‑1560827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |