| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,642,062:1 | +T | 100% | coding (208/213 nt) | cspF → | Qin prophage; cold shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,642,059 | 1 | . | T | 57.4% | 134.5 / 113.1 | 68 | coding (205/213 nt) | cspF | Qin prophage; cold shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (16/13); new base T (18/21); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTGATTG > NC_000913/1641961‑1642158 | cgcTCAATCTCCGCGACGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t < 2:2418331/100‑1 (MQ=255) gcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑t < 1:589738/100‑1 (MQ=255) gcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑t > 1:3599138/1‑100 (MQ=255) tCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTc < 1:1423232/100‑1 (MQ=255) aaTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttca < 2:2965907/100‑4 (MQ=255) aTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttcat < 2:350506/100‑5 (MQ=255) aTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttcat > 1:2689006/1‑96 (MQ=255) aTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATg < 2:2921116/100‑1 (MQ=255) aTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACA‑t‑tttcat > 2:4000845/1‑96 (MQ=255) tcCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGc > 2:2545864/1‑100 (MQ=255) ccGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGc > 1:3331814/1‑100 (MQ=255) ccGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCt < 1:2667844/100‑1 (MQ=255) cgcgATGTAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGTCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGTTGCCAATGTTTACC‑t‑tttcat < 2:511549/95‑5 (MQ=255) gCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTaa < 1:1647797/100‑1 (MQ=255) agaagaAATTACCACCGGATTCCGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAg > 2:2613872/1‑100 (MQ=255) agaagaAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAAGGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAg > 2:1170138/1‑100 (MQ=255) agaaATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCtt > 2:2915232/1‑100 (MQ=255) aaaTTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTa < 2:3643684/100‑1 (MQ=255) aaaTTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTa < 1:1097543/100‑1 (MQ=255) aaTTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTa > 2:656110/1‑100 (MQ=255) aTTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAAt < 2:3009331/100‑1 (MQ=255) ccaccGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTc > 1:2526674/1‑100 (MQ=255) ccaccGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTc > 1:1939563/1‑100 (MQ=255) ccaccGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCa > 1:2454004/1‑100 (MQ=255) accGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAg > 1:2240592/1‑100 (MQ=255) ccGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAgg < 2:707106/100‑1 (MQ=255) cGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGc < 2:1324274/100‑1 (MQ=255) ggATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGcc < 1:1457856/100‑1 (MQ=255) ggATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGcc > 1:1862834/1‑100 (MQ=255) ggATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGcc > 1:2615605/1‑100 (MQ=255) ggATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGccc > 1:1479561/1‑100 (MQ=255) aCGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATc > 1:2503402/1‑100 (MQ=255) gcgTGTAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATc < 1:19648/98‑1 (MQ=255) gcgTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCgg > 1:3277300/1‑100 (MQ=255) tGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGa < 2:3743070/98‑1 (MQ=255) tGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATc < 2:3137456/100‑1 (MQ=255) tGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATca > 1:3764707/1‑100 (MQ=255) ggAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATc < 2:3793874/99‑1 (MQ=255) gAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATcac < 1:2698638/100‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCCGCTGCCAATGTTTGCC‑T‑TTCATGAGCTATATTATAGCTTGAATGGCAGGCCCCAACGGATcac < 2:2705901/97‑1 (MQ=255) aTTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATcacaca > 1:651069/1‑100 (MQ=255) gCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGgag > 1:362639/1‑100 (MQ=255) gCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGgag < 1:3920569/100‑1 (MQ=255) ccGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGgaga > 1:2585588/1‑100 (MQ=255) gATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGt < 2:3568830/100‑1 (MQ=255) tAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGttt < 1:662632/100‑1 (MQ=255) aTGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCATGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTa < 1:768197/100‑1 (MQ=255) aTGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTAt < 1:3391758/100‑1 (MQ=255) tGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTGAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTAt < 2:3050136/100‑1 (MQ=255) tGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTGTACCTT‑TTCATGAGCTATAATAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGCTCACACACGGAGAGTTTTTAt < 2:4083437/100‑1 (MQ=255) ggTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATg < 1:3388500/100‑1 (MQ=255) ggTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATg < 1:2701803/100‑1 (MQ=255) atCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGa > 2:3376388/2‑100 (MQ=255) cGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAAcc < 2:1489795/100‑1 (MQ=255) tGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAAccc < 2:2503388/100‑1 (MQ=255) cacatCAGCAGCCAAAATTTACG‑TATTCATGAGCAATATTGAAGCTATAATGTCAAGCCCCATAGGGTCAGAGATGGAGAGTTTTTATGAAGAAcggcg > 2:2404281/5‑95 (MQ=255) ccTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtc > 1:122092/1‑100 (MQ=255) ccTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtc > 2:1647737/1‑100 (MQ=255) ccTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtc < 1:3872319/100‑1 (MQ=255) cTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtct < 1:1954724/100‑1 (MQ=255) cTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtct > 1:3274452/1‑100 (MQ=255) cTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATGAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtct > 2:344239/1‑100 (MQ=255) aGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtctgtct > 1:1711524/1‑100 (MQ=255) gCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGTATAACCCCGTCTGTCTtg < 2:3876062/100‑1 (MQ=255) cTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtg < 1:1496758/100‑1 (MQ=255) cTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtga > 2:3379798/1‑100 (MQ=255) tGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtga < 2:1504300/100‑1 (MQ=255) gCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgat > 2:3571806/1‑100 (MQ=255) gCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCACTCCTCATCGCATCACACATGTAGTGTTTTTATGACTACACCCgtct > 2:3584031/1‑91 (MQ=255) ccAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatg > 2:1875428/1‑100 (MQ=255) ccAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatga > 1:602952/1‑100 (MQ=255) cAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGAc > 2:1135947/1‑100 (MQ=255) aaTGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGAc > 2:1722297/1‑100 (MQ=255) gTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGt > 2:386373/1‑100 (MQ=255) ttACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGtt < 2:3042489/100‑1 (MQ=255) ttACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTg < 2:3698244/100‑1 (MQ=255) c‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTGATTg > 1:4022771/1‑100 (MQ=255) | CGCTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTGATTG > NC_000913/1641961‑1642158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |