| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 94.2% | 454.4 / 19.0 | 138 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base T (56/74); total (60/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAA > NC_000913/2469552‑2469745 | tttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGATagaat > 2:1039354/1‑96 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttt > 1:479741/1‑100 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATATTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTCTTTAACATGTAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 2:1533907/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt > 2:2866474/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 1:1690790/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCATTCCATTTTTTGGTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 2:1013547/100‑2 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 1:1032211/100‑3 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 2:3924045/100‑3 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttttc > 1:159148/1‑97 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttcg < 2:222914/100‑4 (MQ=255) atTCTATCAAGATAAAATAGTTATAATTTTCCCTCCAGTTTTGGTGTTTTCATTAACATCCAAAAACAATAAATTTATGCTTTTTCTA‑t‑tcttatacctt < 2:1111848/100‑8 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttcgtt < 2:3646736/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 2:946526/97‑3 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTg < 1:2596623/100‑1 (MQ=255) ctCTATCAAGAGCAACTAGTTATACTATTCCATCGACTCTTGGTGTATTTATTCAAATGCAAACACAATAAATCTATGCTTTCGGTA‑TATTATTTCGt > 2:1696166/2‑98 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3898357/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt > 1:3604204/1‑100 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3460494/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3134185/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:2404712/100‑1 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttttttttt > 2:1617162/1‑91 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaata < 2:2083018/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaata < 1:2045258/100‑1 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1285294/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1214106/1‑100 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAataata < 2:970228/100‑1 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAataata < 1:3301052/100‑1 (MQ=255) agCAAATAGTTATAAATTTCCATCCAATTTTCGTGTATTCATTAACATACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTaataat < 2:1143341/98‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTTTTAATAatat > 2:661774/1‑99 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATc > 1:4103441/1‑100 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 2:3129953/100‑1 (MQ=255) aaaTAATTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATAAAAAAAAAAAAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTa < 2:1527070/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:606810/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 2:2678247/100‑1 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 1:843184/100‑1 (MQ=255) ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 1:3399330/1‑100 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa > 2:2636475/1‑100 (MQ=255) ataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa < 2:3868964/100‑1 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 1:3972061/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:1888313/100‑1 (MQ=255) tccatccaTTTTTCGTGTATTAATTAATATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTAGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 2:2387175/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt > 2:2004483/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:1734308/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:446048/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:2969052/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat < 1:2636491/100‑1 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat < 1:2730702/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:3417449/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 2:3088956/1‑100 (MQ=255) 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ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:156247/100‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACAGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc > 1:409210/1‑100 (MQ=255) gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa > 2:639304/1‑95 (MQ=255) tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc > 2:931705/1‑100 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTTTTTTTTATTAATAGATAATACTAAAAATCAATTTATATTAAAACCACt > 2:3136347/1‑100 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt > 1:2384947/1‑100 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 1:2986831/100‑1 (MQ=255) tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTa > 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1:1853718/1‑100 (MQ=255) gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 2:462397/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:3212735/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 2:338607/1‑100 (MQ=255) aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 1:1824169/100‑1 (MQ=255) aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 2:3344276/100‑1 (MQ=255) aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 1:1242473/100‑1 (MQ=255) aTAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt < 2:2947286/100‑1 (MQ=255) tAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt > 1:3456507/1‑100 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:3524287/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:2777072/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 1:2265654/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:3456486/100‑1 (MQ=255) cTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 1:3771331/100‑1 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGa < 1:1959196/100‑1 (MQ=255) 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TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAA > NC_000913/2469552‑2469745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |