| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689:1 | +A | 100% | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 94.9% | 546.7 / 21.8 | 178 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base A (81/83); total (86/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa > 2:1887033/1‑100 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa‑aaa < 1:2393402/100‑2 (MQ=255) ttgtATCAGATAATTTCGTGTGTTTGTAATTTAAAGGAATTGATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTGTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa‑aaata < 2:3534262/96‑4 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGc > 2:3649624/1‑100 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGc < 2:795895/100‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCa < 1:3317663/100‑1 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAg > 2:91255/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAg > 1:3409681/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGAtt > 2:2935371/1‑100 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTa > 2:3507221/1‑100 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTagt > 2:2499316/1‑98 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAAtt < 1:3238347/100‑1 (MQ=255) tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCt > 2:1346577/1‑100 (MQ=255) 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tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 1:2607321/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt < 2:1415721/100‑1 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:3965990/100‑1 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:2970563/100‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGATGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:1695910/100‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGATGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:547823/99‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 1:1588517/100‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt > 2:1742421/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 2:2866138/1‑100 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑T‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt > 2:1100711/1‑98 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 1:403240/100‑1 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg > 1:1653729/1‑100 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATTGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTATTATTTTAAGt < 2:2170784/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt > 1:1063124/1‑100 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt > 2:2990754/1‑100 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 1:572508/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt < 1:2490925/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:1009/1‑100 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg < 1:628535/100‑1 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg < 2:2387777/99‑1 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa < 1:113542/100‑1 (MQ=255) tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtt > 1:67361/1‑100 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt > 1:1918948/1‑100 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt < 1:3021495/100‑1 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt > 1:1741270/1‑100 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt < 1:873850/100‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt < 1:1200247/100‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt > 1:2311599/1‑100 (MQ=255) 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gttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata > 2:354483/1‑100 (MQ=255) gttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 1:348827/100‑1 (MQ=255) ttATTT‑C‑GC‑AACAATACGTAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAttta < 2:303048/95‑2 (MQ=38) tATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac < 1:1678400/100‑8 (MQ=37) tATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGatat > 2:4118951/1‑98 (MQ=255) aTTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 2:3255842/1‑100 (MQ=255) ttt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 1:3628279/100‑1 (MQ=255) tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt < 1:2045132/100‑1 (MQ=255) tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt > 2:3147633/1‑100 (MQ=255) tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt > 1:4133518/1‑100 (MQ=255) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |