New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	19879 =	NA (NA)	11 (0.080)	6/172	NT	NA	noncoding (685/768 nt)	IS1	repeat region
	?	NC_000913	19905 =	NA (NA)					noncoding (659/768 nt)	IS1	repeat region

AGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCG  >  NC_000913/19781‑19894                                                                                                   |                agagTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAc                <  2:4049368/100‑1 (MQ=255) agagTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAc                <  2:3317272/100‑1 (MQ=255)    gtagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGTCTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc             >  2:2189053/1‑100 (MQ=255)    gtagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc             >  2:1995771/1‑100 (MQ=255)    gtagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc             >  2:546796/1‑100 (MQ=255)    gtagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc             <  2:1966642/100‑1 (MQ=255)    gtagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc             >  1:3145050/1‑100 (MQ=255)     tagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACa            >  2:3358323/1‑100 (MQ=255)     tagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACa            >  1:3760426/1‑100 (MQ=255)      attgatggttGGTAATGACTCCCACTTGCTTATGGTGTTTTATGTTCAGATTCTGCCCGCTGATTTTGTCATGGTGTTTCCCCGATTGTGAGAAc                <  2:1026995/86‑1 (MQ=0)      agtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAg           >  1:3820975/1‑100 (MQ=40) 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        aaTTGCTGGTAATGACTCTTACTTATTGATTGTGTTTTATGTTCAGGTACTGCCTGATGAATTTCTTATTTAGCTCCACCGATTTGCAGAACGACAGCg         <  2:3932958/99‑1 (MQ=2)         aaTTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGa        <  2:12476/100‑1 (MQ=38)         aaTTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGa        >  2:3184013/1‑100 (MQ=38)           ttGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACt      >  1:2693636/1‑100 (MQ=35)           ttGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATAACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACt      >  2:2639653/1‑100 (MQ=25)            tGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACtt     <  2:2741983/100‑1 (MQ=33)             gCTGGTCATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTCTATGTACAGATCATCCCCGATGACTTTGTCATCCAGCTCCACCGATTTTGACAACGACAGCCACTTc    >  2:2553014/1‑100 (MQ=11) 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              tGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCg  >  2:3739206/1‑100 (MQ=11)               tGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCg  >  2:240566/1‑100 (MQ=11)               tGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCg  <  2:1578151/100‑1 (MQ=11)                                                                                                   |                AGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCG  >  NC_000913/19781‑19894

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.