| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,859 | A→G | 18.7% | intergenic (‑64/‑191) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,859 | 0 | A | G | 18.7% | 174.7 / 34.7 | 90 | intergenic (‑64/‑191) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/35); new base G (11/6); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
GAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTT > NC_000913/1407760‑1407956 | gAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGa > 2:696582/1‑100 (MQ=255) aGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGAt > 1:2029021/1‑100 (MQ=255) aGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGAt > 2:3862085/1‑100 (MQ=255) aGTCGAGGAGATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCGCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGa < 2:1897362/100‑1 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGa > 1:888663/1‑100 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGa > 1:76872/1‑100 (MQ=255) 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gTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGAt < 1:3962607/100‑1 (MQ=255) ttGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATa < 1:624970/100‑1 (MQ=255) ttGTGCGTAATCATTCAGATCCCGTTATTTGTATCAATTTGTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATg < 2:3593350/97‑1 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCTACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATa > 2:3567620/1‑99 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAg < 2:2452465/100‑1 (MQ=255) gtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGa > 1:3454359/1‑100 (MQ=255) tgCGTAATCAGTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACTTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGAc < 2:2724255/100‑1 (MQ=255) ngTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGAAAAATAGCCACGTGATATGATCTGATAATTCTGATAATGATAGACGc > 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1:997388/100‑1 (MQ=255) tGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACaaaagt > 2:2014874/1‑97 (MQ=255) tGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAttt < 1:3733914/100‑1 (MQ=255) | GAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTT > NC_000913/1407760‑1407956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |