Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,434,459	C→T	100%	intergenic (‑235/+499)	ynaE ← / ← ttcC	cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,434,459	0	C	T	96.6%	49.8 / ‑4.1	29	intergenic (‑235/+499)	ynaE/ttcC	cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/0);  new base T (18/10);  total (19/10)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01

CTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGG  >  NC_000913/1434363‑1434501                                                                                                 |                                           cTGAATATGATAAGGCGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATTGCCTCGAATTAGTAATGTGTGATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg                                         <  2:3861801/100‑1 (MQ=11) cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg                                         >  2:2683331/1‑100 (MQ=18)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                        >  1:1676227/1‑100 (MQ=255)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                        <  2:3286316/100‑1 (MQ=12)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                        >  1:2873583/1‑100 (MQ=255)   gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt                                       >  1:1332736/1‑100 (MQ=18)   gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt                                       >  1:3205690/1‑100 (MQ=25)   gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt                                       >  1:641831/1‑100 (MQ=255)    aaTATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATTCTGTTTATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTCGACAATTTTTATCTTGGgtg                                      <  2:2525473/100‑1 (MQ=11)     atatGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAAGTAGAAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgtgt                                     >  2:1999815/1‑100 (MQ=255)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                  >  1:3607025/1‑100 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                  <  2:2974295/100‑1 (MQ=9)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                  <  1:3525301/100‑1 (MQ=255)           tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa                               >  2:3839308/1‑100 (MQ=17)           tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa                               >  2:1137768/1‑100 (MQ=18)           tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa                               <  1:1416453/100‑1 (MQ=9)           tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa                               <  1:2180037/100‑1 (MQ=255)            aaGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTATTaaa                              >  2:2755112/1‑100 (MQ=12)             aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg                             <  2:1535810/100‑1 (MQ=12)             aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg                             >  2:1387635/1‑100 (MQ=255)              ggAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGCATTCTATATGATATAATTGACAATTTTTATCTTGAGTGTTCTTaaaat                            >  2:429972/1‑98 (MQ=11)               naGCGAAGTGATTATCAGTATTCTTTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATTTATGAATTAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTTTTATAGtt                           >  2:3980886/2‑100 (MQ=11)                aGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGtt                           <  1:1703362/99‑1 (MQ=9)                aGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTc                          >  1:2073268/1‑100 (MQ=9)                 gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg                         >  1:2826419/1‑100 (MQ=2)                  cGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGt                        >  2:2988026/1‑100 (MQ=0)                  cGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGt                        >  1:1220436/1‑100 (MQ=2)                  cGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGt                        <  1:1117275/100‑1 (MQ=0)                                        ttCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCTgg  >  2:1745174/1‑100 (MQ=17)                                                                                                 |                                           CTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGG  >  NC_000913/1434363‑1434501

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑