| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,286,142 | T→A | 16.1% | intergenic (+6/‑69) | yejM → / → proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,286,142 | 0 | T | A | 16.1% | 346.1 / 55.8 | 137 | intergenic (+6/‑69) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/61); new base A (7/15); total (61/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCGGCACGTAGCGCAGCCTGGTAGCGCACCG > NC_000913/2286043‑2286240 | cAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt > 1:1494969/1‑100 (MQ=255)cAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt > 2:4108199/1‑100 (MQ=255) aaCTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta < 2:338123/100‑1 (MQ=255) aaCTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta > 1:642126/1‑100 (MQ=255) cTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAGCCACTGTTAGGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtatt < 2:2613951/100‑2 (MQ=255) cTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata < 2:419059/100‑1 (MQ=255) 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1:1442870/1‑100 (MQ=255) agtataAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGGTGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGGCGGCACGCAGCGCAGCCTGGTATCGCAc > 2:3503062/3‑99 (MQ=255) ttaTAAATCATTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCTGCACTTTGCGCAGCCTGGTAGCGCACCg < 2:1389797/100‑1 (MQ=255) ttaTAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCGGCACGTAGCGCAGCCTGGTAGCGCACCg > 1:3840966/1‑100 (MQ=255) | CAACTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCGGCACGTAGCGCAGCCTGGTAGCGCACCG > NC_000913/2286043‑2286240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |