| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,286,145 | A→T | 15.2% | intergenic (+9/‑66) | yejM → / → proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,286,145 | 0 | A | T | 15.2% | 374.5 / 55.5 | 145 | intergenic (+9/‑66) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/63); new base T (7/15); total (67/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAGTATTAGCAGCCACGAGTCGGCACGTAGCGCAGCCTGGTAGCGCACCGTCAT > NC_000913/2286046‑2286244 | cTTACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata < 2:419059/100‑1 (MQ=255) ttACGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAGAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGTTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtata < 2:1879215/99‑1 (MQ=255) tACGTCGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGATAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATaaa < 2:10171/100‑1 (MQ=255) cGTGGTGAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATc > 1:709466/1‑100 (MQ=255) cGTGGTGAAAGAGTGAAAGAAAAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTACTAACAGACGAGAAACGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATc > 2:588069/1‑100 (MQ=255) gtggtgAAAGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATc < 1:3765244/99‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |