| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 331,668 | A→G | 49.4% | intergenic (+172/‑703) | betT → / → yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 331,668 | 0 | A | G | 49.4% | ‑0.5 / 212.5 | 152 | intergenic (+172/‑703) | betT/yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/36); new base G (35/40); total (76/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CGGTTAAGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAA > NC_000913/331571‑331764 | cGGTTAAGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAAt > 2:2246244/1‑100 (MQ=255) aaGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTc < 2:3063387/99‑1 (MQ=255) aGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCaa > 1:4091213/1‑100 (MQ=255) gCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAAt > 1:396113/1‑100 (MQ=255) gCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAAt > 1:3075069/1‑100 (MQ=255) cccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGCCAACAGATAATAAAAAACAAAAGCACTATTGCAGCCCAAAACCTACATATGGGCTGTTGCGACTGTTCACTa > 2:1714387/1‑100 (MQ=255) cccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTAAATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATa > 2:1156367/1‑100 (MQ=255) ccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATaa > 1:3647211/1‑100 (MQ=255) ccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATaa > 2:3012027/1‑100 (MQ=255) cTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAg < 1:2396084/100‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGttt < 1:3478922/100‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGttt < 1:2855034/100‑1 (MQ=255) gTATCTATTGATGATTAGCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGGACTATTGCAGCCTAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGttt < 2:3836135/99‑1 (MQ=255) tATCTATTGATGATTACCAGACAACAAATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAg < 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tgatgaTTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGCCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTAt > 2:264358/1‑99 (MQ=255) gatgatTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTAttt > 2:3142523/1‑100 (MQ=255) atgatTAACAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTa < 2:3087153/100‑1 (MQ=255) tgatTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTaa < 1:3349213/100‑1 (MQ=255) gatTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAAt > 1:3631448/1‑100 (MQ=255) gatTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAAt > 2:1313512/1‑100 (MQ=255) atTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATg < 1:2377791/100‑1 (MQ=255) ttACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGt > 1:1958359/1‑100 (MQ=255) tACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTa < 1:3108947/100‑1 (MQ=255) tACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTa < 1:3009030/100‑1 (MQ=255) aCCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTaa > 1:128700/1‑100 (MQ=255) ccAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTaaa > 2:1728372/1‑100 (MQ=255) ccAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTaca > 2:2504719/1‑98 (MQ=255) cAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAat < 2:629305/100‑1 (MQ=255) cAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGAGGATGTTCAATAAGTCTAGTCTTATTTAATGTAAat > 2:3475834/1‑100 (MQ=255) 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2:3506561/100‑1 (MQ=255) aataaAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCAt < 1:1703464/100‑1 (MQ=255) ataaAAAAGAAAAGCACTATTGCAGCCCAAAACCTACAATTGGGCTGTTGCGAGTGGTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGAGCAtt > 2:2547685/1‑100 (MQ=255) ataaAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCAtt > 1:3722531/1‑100 (MQ=255) taaAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCAttt > 1:1847323/1‑100 (MQ=255) taaAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCAttt < 2:1068614/100‑1 (MQ=255) taaAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGACTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCAttt > 2:2428232/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTAGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTg < 2:3346268/100‑1 (MQ=255) aaaaaGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGa > 1:2464205/1‑100 (MQ=255) aaaagaaaagAACTATTGCAGCCCAAAACCTTCATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGaa < 1:1775556/100‑1 (MQ=255) aagaaaagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAAt < 2:1198729/100‑1 (MQ=255) agaaaagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATg < 1:975126/100‑1 (MQ=255) agaaaagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATg < 1:2111274/100‑1 (MQ=255) aagagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAGTGTTCAATAAGTTTAGTCTTAGTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGAc < 2:1256298/97‑1 (MQ=255) aaataaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACg < 2:251059/100‑1 (MQ=255) gaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCat < 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cAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATg < 2:899959/99‑1 (MQ=255) aGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATgag > 1:1635611/1‑100 (MQ=255) gCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATgaga > 1:372010/1‑100 (MQ=255) gCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATgaga > 1:3411915/1‑100 (MQ=255) ccAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGaaa > 2:1516125/1‑100 (MQ=255) cAAAACCTACATTTGGGCTGGTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAt < 1:75062/100‑1 (MQ=255) aaaCCTACATTTTGGCTGTTGCTGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAtg < 2:1906349/99‑1 (MQ=255) aaCCGACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAtgtg < 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ttGCGAATAGTCAATAATTGTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGa < 1:1786655/100‑1 (MQ=255) tGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGaa < 1:2702905/100‑1 (MQ=255) tGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGaa > 1:975754/1‑100 (MQ=255) tGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGaa < 2:810811/100‑1 (MQ=255) | CGGTTAAGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAA > NC_000913/331571‑331764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |