| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,777,363 | T→C | 21.5% | F83F (TTT→TTC) | yfjZ → | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,777,363 | 0 | T | C | 21.5% | 293.0 / 83.8 | 158 | F83F (TTT→TTC) | yfjZ | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/64); new base C (22/12); total (82/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAACACTC > NC_000913/2777264‑2777462 | ggTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGtttt > 2:3095832/1‑100 (MQ=255)ggTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGtttt > 1:3484738/1‑100 (MQ=255) gTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTa < 1:1335280/100‑1 (MQ=255) gTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTa < 1:1425822/100‑1 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTAcc < 1:2110302/100‑1 (MQ=255) tttCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCt > 1:3887934/1‑100 (MQ=255) 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1:1193533/1‑100 (MQ=255) caTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAg < 2:3963539/100‑1 (MQ=255) tATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAt < 1:924073/100‑1 (MQ=255) naGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATAct > 2:844227/2‑100 (MQ=255) cAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCGATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAtcc > 2:2036265/1‑97 (MQ=255) aGCAAGATAGAGTCGATACCGAGCACTGGTGAACTGCATCCCCGTCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGAt < 2:1253596/96‑1 (MQ=25) gCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATActct > 2:961902/1‑100 (MQ=255) gCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATActct > 2:3848386/1‑100 (MQ=255) 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2:3090057/100‑1 (MQ=255) tCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGGCACCCTGTACCACAAGGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCg < 2:1565049/100‑1 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc < 2:4049162/100‑1 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc < 1:1883559/100‑1 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc > 2:1998488/1‑100 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc > 2:420862/1‑100 (MQ=255) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg > 2:3831589/1‑100 (MQ=255) tGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACACCGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGt > 2:2855542/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |