| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,998,129 | C→T | 51.2% | pseudogene (700/1137 nt) | ygeQ ← | pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,998,129 | 0 | C | T | 51.2% | ‑2.3 / 266.2 | 191 | pseudogene (700/1137 nt) | ygeQ | pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/52); new base T (43/54); total (84/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTC > NC_000913/2998030‑2998225 | aTGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGc > 2:3878969/1‑100 (MQ=255)aTGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGc < 1:3878994/100‑1 (MQ=255) gCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAgtgt < 2:3815125/100‑1 (MQ=255) cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGTCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGtt < 2:771931/100‑1 (MQ=255) cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTTCCTATCTTTAgtgt > 2:3567043/1‑99 (MQ=255) cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGtt > 1:2096282/1‑100 (MQ=255) cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGtt < 1:1352744/100‑1 (MQ=255) cTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGtt > 2:3460086/1‑100 (MQ=255) tCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTa < 1:3661286/100‑1 (MQ=255) tCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTa > 1:2306028/1‑100 (MQ=255) gAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAg < 2:1917723/100‑1 (MQ=255) tCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTAc < 1:1170581/100‑1 (MQ=255) ttCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCACAACCGACTTTAATCGGTCACATTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCa > 2:584771/1‑100 (MQ=255) cATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAgtg < 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2:685750/100‑1 (MQ=255) ttGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGta < 1:1639730/100‑1 (MQ=255) ggCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGtata < 2:2513045/100‑1 (MQ=255) ggCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGtata > 1:3604239/1‑100 (MQ=255) gCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATaa > 1:2123050/1‑100 (MQ=255) cgttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAg < 1:3709893/98‑1 (MQ=255) cTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAg > 1:1187898/1‑100 (MQ=255) tttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg > 1:3421476/1‑100 (MQ=255) tttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg > 1:3476289/1‑100 (MQ=255) cttATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAgg < 1:79873/99‑1 (MQ=255) tATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGga > 2:79873/1‑99 (MQ=255) tATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGgag > 1:2687342/1‑100 (MQ=255) tCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGAt < 1:54889/100‑1 (MQ=255) cAGATACGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTCTTGCTTGCTTGTCTAAGGCGATCa > 2:2027695/1‑100 (MQ=255) cAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCa > 1:295596/1‑100 (MQ=255) gATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAg < 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gCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCgg > 2:662557/1‑100 (MQ=255) ctaaTCTTCAGCGTTAATAGTCCCATTGTTGATTGCTTGTATAAGGTGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc < 1:822012/98‑1 (MQ=255) ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc > 2:3950445/1‑100 (MQ=255) ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc > 1:2853704/1‑100 (MQ=255) ccAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGc < 1:2452273/100‑1 (MQ=255) aTCTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTg < 2:1256701/100‑1 (MQ=255) cTTCAGTGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGcc < 1:603724/100‑1 (MQ=255) ttCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCct > 1:1400194/1‑100 (MQ=255) tCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTTCTTGTATATGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTACACAGCTGCGGCTTGCctt < 2:3387196/100‑1 (MQ=255) cAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGATATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCcttc < 2:958967/100‑1 (MQ=255) cAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCcttc > 2:2990773/1‑100 (MQ=255) | ATGCTCAGGAATCTTCCATAACATAGAAATTGGCTTTATCCAGATAAGCAATCAGCAGCGCAACCGACTTTAATCGGTCACCTTTTTGCCAATCTTCAGCGTTAATAGTACCAGTGTTGATTGCTTGTATAAGGAGATCAAGGTAAAGACCTAAAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTC > NC_000913/2998030‑2998225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |