| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,244,928 | T→C | 51.5% | intergenic (‑187/‑296) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,244,928 | 0 | T | C | 51.5% | 34.2 / 265.7 | 201 | intergenic (‑187/‑296) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/48); new base C (43/59); total (93/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGA > NC_000913/3244831‑3245026 | tCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAAt > 2:729535/1‑100 (MQ=255) tGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTc < 1:73871/100‑1 (MQ=255) tGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCGGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTc > 2:2648608/1‑100 (MQ=255) gAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTcc > 1:514811/1‑100 (MQ=255) aGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTccc < 2:840388/100‑1 (MQ=255) ttAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTa < 2:3601743/100‑1 (MQ=255) 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cGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCcac > 1:1406797/1‑100 (MQ=255) gTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCcaca < 1:2207030/100‑1 (MQ=255) gTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCcaca > 2:2731381/1‑100 (MQ=255) aGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACAtt > 1:2746544/1‑100 (MQ=255) gTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACAttt > 2:1916824/1‑100 (MQ=255) tAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTtgt > 1:751952/1‑100 (MQ=255) aaaaaaaTTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTtgtg < 1:3032935/100‑1 (MQ=255) aaaaaaTTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGa < 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2:2434312/1‑100 (MQ=255) ccGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCt > 2:584555/1‑100 (MQ=255) cgcgCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCtt > 1:3796109/1‑100 (MQ=255) cgcgCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCtt < 1:3663075/100‑1 (MQ=255) gcgcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCttt > 2:817372/1‑100 (MQ=255) gcgcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCttt > 1:3671527/1‑100 (MQ=255) cgcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTc < 1:3914079/100‑1 (MQ=255) gcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCt < 2:3651790/100‑1 (MQ=255) 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2:3012976/100‑1 (MQ=255) cTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATa > 2:2303057/1‑100 (MQ=255) cTGTCGTCAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATa < 2:1419036/100‑1 (MQ=255) gtcgtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAg < 2:901495/100‑1 (MQ=255) gtcgtcAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAg < 2:794092/100‑1 (MQ=255) ggcgtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAg < 1:2555524/98‑1 (MQ=255) cgtcAGGCAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTc < 2:2662321/100‑1 (MQ=255) gtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCg < 2:1671679/100‑1 (MQ=255) gtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCg > 1:3466093/1‑100 (MQ=255) aGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCCCACCTTTTAAAGCTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACg > 2:3556538/1‑100 (MQ=255) ggTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACgg < 2:1276618/100‑1 (MQ=255) gTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGa > 2:2847454/1‑100 (MQ=255) | TTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGA > NC_000913/3244831‑3245026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |