| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,417,572 | C→T | 15.9% | A847V (GCG→GTG) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,417,572 | 0 | C | T | 15.9% | 470.2 / 66.9 | 196 | A847V (GCG→GTG) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/81); new base T (18/13); total (102/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTT > NC_000913/3417473‑3417671 | gACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGc < 1:346782/100‑1 (MQ=255) aCTGGAACGCTACAACGCTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCg < 2:3394729/100‑1 (MQ=255) cTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGTCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGt > 1:1511260/1‑100 (MQ=255) cTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGt > 2:2681357/1‑100 (MQ=255) tGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTc < 1:616860/100‑1 (MQ=255) tGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCAATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTc > 1:1789798/1‑100 (MQ=255) ggAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCa > 2:2455422/1‑100 (MQ=255) ggAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCa > 1:2974990/1‑100 (MQ=255) gAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCaa > 1:936324/1‑100 (MQ=255) aCGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCaaa > 1:1253777/1‑99 (MQ=255) gCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAAtt > 1:2012530/1‑100 (MQ=255) cTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTGCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTa > 2:2650790/1‑100 (MQ=255) cTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTa < 1:1892615/100‑1 (MQ=255) aCAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTAcc < 2:567552/100‑1 (MQ=255) aCGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGc > 2:2059016/1‑100 (MQ=255) cGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCg < 1:2355617/100‑1 (MQ=255) gTCTGTCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGGCGCGTCAGGAACCAGTTCTGGCGATGCGATGGCGTTGATGGAAAACCTTGGGTGAAAATTACGTGgggg > 2:3933152/1‑100 (MQ=255) tCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGc < 1:696546/100‑1 (MQ=255) tCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGc > 2:3026841/1‑100 (MQ=255) ctcccGTCAATGGACAGTCAGGCGGAAGTCGCGTCAGCAATCATTTCCGGCTATGCCATGGGGGTGATGGAAAACCTTGCTCCAAAATTTCCTGCGGGCa < 2:1848209/97‑1 (MQ=255) tGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCAt > 1:3025890/1‑100 (MQ=255) tGCCGTCAATGCAGATTCAGGGTGACGCCGCGCCATGAACCAGTTCCGGCGATCCCATGGGGTTGATGGAAAACCTTGCGTCACATTTTCCTGCggg < 2:2550019/97‑1 (MQ=255) gCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCAtt > 2:3733283/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTgg > 2:2828195/1‑100 (MQ=255) gTCCATGTAGATTTAGGGGGAAGGCGCGCTAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTgg < 2:325056/99‑1 (MQ=255) cAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGtt < 2:2300931/99‑1 (MQ=255) aTGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATg < 1:869965/100‑1 (MQ=255) aTGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATg > 1:1014298/1‑100 (MQ=255) aTGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATg < 2:3172026/100‑1 (MQ=255) aTGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATg > 1:517641/1‑100 (MQ=255) aTGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATg < 2:1290360/100‑1 (MQ=255) tGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGa < 2:1224462/100‑1 (MQ=255) ggAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGAc < 2:49001/100‑1 (MQ=255) gagaTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACt < 1:3535423/100‑1 (MQ=255) gagaTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACt > 1:3387506/1‑100 (MQ=255) agaTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGAc < 1:1590399/98‑1 (MQ=255) gaTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTgg > 1:1554899/1‑100 (MQ=255) ttCCGGGGGCAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAGTTACCTGCGGGGGTTGGTTATGACTGGa > 2:667258/1‑99 (MQ=255) tCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACg > 1:4028375/1‑100 (MQ=255) naGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACgg > 2:633490/2‑100 (MQ=255) aGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACggg < 2:1476810/100‑1 (MQ=255) aGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACggg < 1:4021483/100‑1 (MQ=255) gggggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGCCg > 2:1410635/1‑97 (MQ=255) gggggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGt > 2:383710/1‑100 (MQ=255) ggggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTa < 2:886126/100‑1 (MQ=255) ggggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTa < 1:3982894/100‑1 (MQ=255) ggggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTa > 1:1208696/1‑100 (MQ=255) aaGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTc > 1:285783/1‑100 (MQ=255) aaGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTc > 1:3857495/1‑100 (MQ=255) aGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCg < 1:2138902/100‑1 (MQ=255) aGCCGCGCCAGGAAACAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGAATGAACAGAAATGTCg > 2:2656983/1‑100 (MQ=255) cgcgCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTAt < 1:3560685/100‑1 (MQ=255) gcCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAg > 2:3158950/1‑100 (MQ=255) gcCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAg > 1:2545660/1‑100 (MQ=255) ccAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAgg > 2:3575164/1‑100 (MQ=255) cAGGAACCATTTCCGGCGATGCCATGGCGTTTATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATc < 2:403450/96‑1 (MQ=255) cAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGa > 1:3030566/1‑100 (MQ=255) ggAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAAc < 2:596660/100‑1 (MQ=255) gAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACg < 2:3536234/100‑1 (MQ=255) ccAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCtt > 1:3817645/1‑100 (MQ=255) cAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTa < 1:2670385/100‑1 (MQ=255) gTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAAGCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATc > 2:3681571/1‑100 (MQ=255) gTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATc > 1:2617828/1‑100 (MQ=255) gTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATc > 2:2153706/1‑100 (MQ=255) gTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATc > 1:2347769/1‑100 (MQ=255) ttCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCg < 1:1310464/100‑1 (MQ=255) tCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCgg > 2:2920060/1‑100 (MQ=255) tCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCgg < 2:1508578/100‑1 (MQ=255) ccGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCggg < 1:413124/100‑1 (MQ=255) ccGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCggg > 2:1614263/1‑100 (MQ=255) ggCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCggg > 2:4065433/1‑98 (MQ=255) ggCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGaa < 1:3960777/100‑1 (MQ=255) cGATGCCATGGCGTGGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAAc < 2:3950584/100‑1 (MQ=255) gATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAAc < 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2:726595/1‑100 (MQ=255) aTGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTgg > 1:3396738/1‑100 (MQ=255) tGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGt < 1:283999/100‑1 (MQ=255) aaaaCCTTGCGTCAAAATTACCTGCAGGCATTGGTTATAACTGGACGCGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAg < 1:3933178/99‑1 (MQ=255) aaaCCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCa > 1:744081/1‑100 (MQ=255) aCCTTGCGTCAAAATTGCCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAAt < 2:142639/100‑1 (MQ=255) cTTGTGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCGCCCGCTCTGGTAGCAAttt < 2:1655748/100‑1 (MQ=255) cTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAg < 2:1573031/94‑1 (MQ=255) cTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAAttt > 1:3660178/1‑100 (MQ=255) cTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAAttt < 1:3747156/100‑1 (MQ=255) cGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCtt < 1:3158969/100‑1 (MQ=255) cGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCACGCTCTGGTAGCAATTTCCt > 2:1973223/1‑99 (MQ=255) | GACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTT > NC_000913/3417473‑3417671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |