| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,828,936 | T→C | 48.4% | intergenic (‑271/‑9) | gltS ← / → xanP | glutamate transporter/xanthine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,828,936 | 0 | T | C | 48.4% | 1.3 / 217.7 | 159 | intergenic (‑271/‑9) | gltS/xanP | glutamate transporter/xanthine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/39); new base C (44/33); total (87/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTCCGC > NC_000913/3828838‑3829035 | aaaGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGAtt < 1:1899386/100‑1 (MQ=255) aGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGt > 1:1108232/1‑100 (MQ=255) tGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGCGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGtt > 2:2669401/1‑99 (MQ=255) gCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGtttt > 1:3764860/1‑100 (MQ=255) gCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGtttt > 1:1744064/1‑100 (MQ=255) ttATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGTCAAACGTTTGCTCTTCTCTTGCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATGGTTTTCGAt < 2:420758/100‑1 (MQ=255) 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tAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGa > 1:2434794/1‑100 (MQ=255) gATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGt > 1:3018823/1‑100 (MQ=255) aTGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGGCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTc > 1:1781125/1‑100 (MQ=255) tGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCa > 2:348936/1‑100 (MQ=255) tGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCa > 1:3575329/1‑100 (MQ=255) tGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCa > 2:3046281/1‑100 (MQ=255) tGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGt > 2:2443705/1‑98 (MQ=255) gAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAg > 1:1593994/1‑100 (MQ=255) aGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGa < 2:3273484/100‑1 (MQ=255) aGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGa > 1:3296352/1‑100 (MQ=255) ggATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGaa < 1:968290/100‑1 (MQ=255) ggATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGaa < 1:2499058/100‑1 (MQ=255) ggATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGaa < 2:2961344/100‑1 (MQ=255) ggATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGaa > 1:1946378/1‑100 (MQ=255) tgtgGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAAt < 1:137888/100‑1 (MQ=255) 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1:1841469/100‑1 (MQ=255) gTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTGAAATGCCCGCTGTGCTACCACGGGATTGTATTCGATGTCTGTATCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCGAcc > 2:316635/1‑98 (MQ=255) gTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCgg > 1:736029/1‑100 (MQ=255) tGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTg > 1:3937695/1‑100 (MQ=255) tGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTg > 1:1127000/1‑100 (MQ=255) tGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCAGCATTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCACAACCGGTTg > 2:2725341/1‑100 (MQ=255) cTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTgcg > 1:3084477/1‑100 (MQ=255) tctTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCCCCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACt < 2:2967742/100‑1 (MQ=255) 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ccACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGa > 1:2709426/1‑100 (MQ=255) cACGGGACTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGAt < 1:438364/100‑1 (MQ=255) cGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCg < 1:3975404/100‑1 (MQ=255) ttGGTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTccg < 2:3575306/99‑1 (MQ=255) | AAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTCCGC > NC_000913/3828838‑3829035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |