| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,945,528 | T→C | 48.9% | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC → | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,945,528 | 0 | T | C | 48.9% | 47.0 / 184.2 | 133 | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/26); new base C (37/28); total (79/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGG > NC_000913/3945469‑3945625 | ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTc > 1:109451/1‑100 (MQ=2)ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTc > 1:1998422/1‑100 (MQ=11) ctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAg > 2:116620/1‑100 (MQ=32) tgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAgc < 2:109450/100‑1 (MQ=255) gCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAgcg > 1:2114620/1‑100 (MQ=18) cAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAgcgc > 1:1202349/1‑100 (MQ=12) 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(MQ=32) gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg < 2:2101499/100‑1 (MQ=255) ttattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGTGTCAGCGCAAGCGaa > 2:3374481/1‑100 (MQ=17) tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAATGTTAACATATACGGTGTGACGCCTGCCCGGAGCCGGAAGGTTCATTGATGGGGTCAGCCCATGCGAAg > 2:3939169/1‑100 (MQ=11) tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGGTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 1:815329/1‑100 (MQ=255) tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 1:1419994/1‑100 (MQ=18) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGCCAGCGCAAGCGAAGc > 1:1987088/1‑100 (MQ=17) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 1:1696240/100‑1 (MQ=18) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 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aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTGAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 1:2499809/1‑100 (MQ=17) aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 2:1551462/1‑100 (MQ=17) aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct < 1:2290269/100‑1 (MQ=18) aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 1:2700587/1‑100 (MQ=33) aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 2:1644068/1‑100 (MQ=18) aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt < 1:694649/100‑1 (MQ=18) aaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGa < 1:1255007/100‑1 (MQ=18) acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt < 2:169259/100‑1 (MQ=33) acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGTTCTTGAt < 2:1582904/100‑1 (MQ=12) acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt < 1:2873047/100‑1 (MQ=18) acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt > 2:3924963/1‑100 (MQ=17) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc > 2:20339/1‑100 (MQ=32) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc > 2:460275/1‑100 (MQ=255) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:4006717/100‑1 (MQ=18) gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:635750/1‑100 (MQ=33) 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2:2974164/1‑100 (MQ=32) gtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCg > 1:3402066/1‑100 (MQ=255) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2959735/100‑1 (MQ=32) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2978260/100‑1 (MQ=33) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGAAGCCTGCTCGATGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2898010/100‑1 (MQ=255) gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 1:526078/1‑100 (MQ=32) gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 2:2662407/1‑100 (MQ=32) gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt < 2:1737801/100‑1 (MQ=33) 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< 1:2185402/100‑1 (MQ=18) cGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGCTGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACt > 1:1372901/1‑100 (MQ=11) tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGACGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 2:3513002/1‑100 (MQ=12) tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 1:426683/1‑100 (MQ=18) ataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtata > 1:209002/1‑100 (MQ=18) aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:669295/100‑1 (MQ=33) aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:2188602/100‑1 (MQ=33) aCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc > 2:1798190/1‑100 (MQ=17) cGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACg > 2:2118474/1‑100 (MQ=32) ggTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCGGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACgg < 1:1247746/100‑1 (MQ=17) ggTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACgg < 1:2832658/100‑1 (MQ=33) | GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGG > NC_000913/3945469‑3945625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |