| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 532,380 | A→G | 23.3% | intergenic (‑159/‑71) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 532,380 | 0 | A | G | 23.3% | 252.2 / 86.4 | 155 | intergenic (‑159/‑71) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/68); new base G (17/19); total (68/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAGT > NC_000913/532281‑532477 | aTTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTg < 1:2863010/100‑1 (MQ=255) aCATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTg < 1:3525826/98‑1 (MQ=255) aCATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGt < 2:82264/99‑1 (MQ=255) cATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTa < 1:1924815/100‑1 (MQ=255) cATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTa < 1:661697/100‑1 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAt < 2:2603430/100‑1 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTa < 1:3811978/99‑1 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTAt < 1:3596318/100‑1 (MQ=255) tggtAACGCTGTTCAATTTGTGGAGTAAATCTGGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTAt < 2:2199055/96‑1 (MQ=255) gATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTg < 1:1024522/100‑1 (MQ=255) gATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTg < 1:254822/100‑1 (MQ=255) aTAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGa < 2:4002564/100‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGaaa < 2:1782041/100‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGaaa < 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2:2136126/100‑2 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGc > 1:3998652/1‑100 (MQ=255) ttCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCt > 1:2347710/1‑100 (MQ=255) cAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGa > 2:1082571/1‑100 (MQ=255) aaTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTTATGTTTTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGTCTGGTATTGAAACCAATCTGAc > 2:1023840/1‑100 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 1:535116/100‑1 (MQ=255) tttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCg > 2:2218678/1‑100 (MQ=255) gtgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTc < 1:1694241/100‑1 (MQ=255) gtgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTACTCTTAAGTGTTTAGCTTGCCTGTGATTGAAACAAAGCTGACCGGt > 2:2791654/1‑99 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcgg > 1:2840751/1‑100 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcg > 2:4007182/1‑99 (MQ=255) gACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTCTTGATGTTGTTCTCTTAGGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggc > 1:1606072/1‑100 (MQ=255) gACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAGGCTGACCGGTcggc < 2:488320/100‑1 (MQ=255) aCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcg < 1:103305/100‑1 (MQ=255) cTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcgg < 2:1164425/100‑1 (MQ=255) cTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcgg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |