| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 661,369 | T→C | 28.6% | N4D (AAT→GAT) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 661,369 | 0 | T | C | 28.6% | 221.4 / 95.6 | 150 | N4D (AAT→GAT) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/57); new base C (14/29); total (63/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACC > NC_000913/661272‑661468 | aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTAc < 1:3466800/100‑1 (MQ=255)aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTAc < 1:2424656/100‑1 (MQ=255) tcgTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGTCGACTTTCTGTTTAACCAGGGTTCAATTTGATTATTAc < 2:2896205/97‑1 (MQ=255) aGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTa > 2:2810354/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTAt > 2:129501/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTAt > 2:1566399/1‑100 (MQ=255) tCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATc > 1:1757419/1‑100 (MQ=255) cAGAATGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATcc < 1:138908/100‑1 (MQ=255) gAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCAc > 2:1667335/1‑100 (MQ=255) aaGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACg < 2:2536264/100‑1 (MQ=255) aaGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACg < 1:3691917/100‑1 (MQ=255) ggTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCTACGCa > 2:1232514/1‑100 (MQ=255) gTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCAc > 1:497598/1‑100 (MQ=255) ttAAGATCAATATTTCGTAAGTTGGTAAACATTTGTGGTTTTCCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATGTGATTAGCACTATCCACGGAcn < 2:851308/100‑2 (MQ=255) tAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACtt < 1:2050640/100‑1 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTAc < 2:322874/100‑1 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTAc < 1:3177135/100‑1 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACt < 2:3265768/100‑1 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTcc > 2:1543260/1‑100 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTcc < 1:1543272/100‑1 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTcc < 1:3281276/100‑1 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTcc < 2:662022/100‑1 (MQ=255) aaTATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCaa > 1:1019984/1‑100 (MQ=255) atatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAAt < 2:3745375/100‑1 (MQ=255) tttCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAAtttt < 1:1707327/100‑1 (MQ=255) ttccgatcttGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAt < 2:794258/92‑1 (MQ=255) cGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAtt < 2:2996447/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc > 1:1247224/1‑100 (MQ=255) tAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCa < 2:3907815/100‑1 (MQ=255) gTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGa > 2:3622154/1‑100 (MQ=255) gTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGa < 1:3577119/100‑1 (MQ=255) aaTATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaata > 1:3643106/1‑100 (MQ=255) atatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGTTTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataa > 2:3276465/1‑100 (MQ=255) atatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataa < 2:2854075/100‑1 (MQ=255) tatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataat < 2:2320256/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAttt < 1:4029803/100‑1 (MQ=255) gtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTa > 1:1376890/1‑100 (MQ=255) gTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGTTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaa < 2:835227/99‑1 (MQ=255) gTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaa < 1:2116574/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaa < 1:1859461/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaa < 1:933712/100‑1 (MQ=255) ttaaCCTTCTAACGACTATCTGCTTAAACAGGGTTAAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAAAAATAATaaaaaa < 2:2650062/97‑1 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt < 1:436003/100‑1 (MQ=255) aCCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAtt > 1:3923316/1‑100 (MQ=255) cTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTAc < 1:621871/100‑1 (MQ=255) ttCTGACGACTTTCTGCTTAAAGTGGGTGACATTTGATTATTACTATCCACGCACTTAATCCAATTTTAGTCATGGAAAAGTAATAGTTAAAAAATTa > 2:3560334/1‑98 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 1:1184567/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 2:466516/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 1:2413688/1‑100 (MQ=255) aaaaatttCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACaa < 2:3003062/91‑1 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACTCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATATAAAAAATTACAATAATc < 2:793254/100‑1 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc < 1:204512/100‑1 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc > 1:1217884/1‑100 (MQ=255) gacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCt < 1:805857/100‑1 (MQ=255) acTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTAATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc < 2:2234212/98‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa > 2:3134649/1‑100 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa < 1:2102341/100‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGAGTTCAATTTGATTATCACAATACACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa < 2:3533865/100‑1 (MQ=255) tttCTACTTAAACAGGGTTCAATTTTATTATTACTAAACAAGTACTTACTCTAATTTTATTCATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACAATAATCTTAt < 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tGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACACCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCt < 2:1876475/100‑1 (MQ=255) tGCATAAACAGGATTCAATTTACTAATCACAAAACCGGAACATACTTTTATCTTATTCTTGGATAAAAAAAATTAAAAAAATTACAATAATCTTATGt < 2:3446590/98‑1 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa > 1:2666463/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa < 1:326504/100‑1 (MQ=255) tAAAAAGGGTACAATTTGATTATCAATATACAAGAACTTACTGCAGTTTTTTTTATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACAATAATCTTATGTCt < 2:1077214/96‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAAAAATATAAAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTg < 2:12168/100‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTg > 1:2570191/1‑100 (MQ=255) aGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaac < 1:1086887/100‑1 (MQ=255) aGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTAATCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaac < 2:2751261/100‑1 (MQ=255) aGGATTCAATTTGATTATCACTAACCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaac < 2:363835/100‑1 (MQ=255) gggTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaacg < 1:906699/100‑1 (MQ=255) gggTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaacg > 2:500484/1‑100 (MQ=255) ggTTCAATTTGATTATTACTATACACGCACTTACTACAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaac < 2:1586160/98‑1 (MQ=255) ttttaaTTTGATTATTACTATCAACACATTTAATCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaac < 2:2546391/93‑1 (MQ=255) ttCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaacggaa > 1:2918700/1‑100 (MQ=255) 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2:1466179/100‑1 (MQ=255) aTTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGc > 1:3495249/1‑99 (MQ=255) tGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCtttt < 1:461486/100‑1 (MQ=255) attattACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc > 2:1936347/1‑100 (MQ=255) attattACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc < 1:2699707/100‑1 (MQ=255) ttattaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc < 1:3448753/99‑1 (MQ=255) tattaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTc < 2:4066890/100‑1 (MQ=255) attaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCa > 1:2987454/1‑100 (MQ=255) taCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAcc < 2:1566309/100‑1 (MQ=255) taCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAcc < 2:3370562/100‑1 (MQ=255) taCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAcc < 2:3340417/100‑1 (MQ=255) taCTATCCACGCACTTACTCCAATTATAAAAATAAAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAc < 2:1759459/99‑1 (MQ=255) | ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACC > NC_000913/661272‑661468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |