| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 720,946 | C→T | 100% | intergenic (+106/+110) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 720,946 | 0 | C | T | 98.7% | 487.7 / ‑3.1 | 151 | intergenic (+106/+110) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (64/83); total (65/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
AAGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTA > NC_000913/720849‑721042 | aaGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAg < 2:1681733/100‑1 (MQ=255) aGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGt < 1:1467243/100‑1 (MQ=255) aGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGATAATAAAAAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGt < 2:1365033/100‑1 (MQ=255) gTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGCTCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTaa > 2:2666212/1‑100 (MQ=255) gAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAata < 2:3759514/100‑1 (MQ=255) aaGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAatat < 1:3625956/100‑1 (MQ=255) 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2:1751511/100‑11 (MQ=21) tgaGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCAGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAag > 2:56313/1‑100 (MQ=255) gaGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAagg > 1:2474767/1‑100 (MQ=255) aGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTTTTTTTTGTTTAATATAAAAAGCCGTATTTATTATTAATGCTTTAATTAATAAAag > 2:2146071/1‑98 (MQ=255) aGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAagg < 2:2952240/99‑1 (MQ=255) gCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggca < 1:3636910/100‑1 (MQ=255) cTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcag < 2:1645189/100‑1 (MQ=255) cTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcag > 1:1553393/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |