| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 721,004 | T→A | 17.9% | intergenic (+164/+52) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,004 | 0 | T | A | 17.9% | 368.2 / 66.0 | 152 | intergenic (+164/+52) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/67); new base A (16/11); total (72/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGC > NC_000913/720905‑721102 | aaaTGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtat > 1:3699712/1‑100 (MQ=255) tGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtattta < 1:3046891/100‑1 (MQ=255) aTCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt < 1:2323442/100‑1 (MQ=255) tCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta < 2:2123502/100‑1 (MQ=255) aTCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattatta < 2:1114260/100‑1 (MQ=255) cTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACg < 2:866270/100‑1 (MQ=255) 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1:2505501/1‑100 (MQ=255) aGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAagg < 2:2952240/99‑1 (MQ=255) gCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggca < 1:1217243/100‑1 (MQ=255) cTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcag > 1:1553393/1‑100 (MQ=255) tttttACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcagg < 2:779298/100‑1 (MQ=255) ttttACTTAGTAATATAAAATATTGCATCGCTATTTTTGTGTTCTTTTAAAGATAAAAAGCCGTCTTTATTATTACTGCTTTAATTAATAAAaggcagtc > 2:2573159/1‑98 (MQ=255) ttttACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAaggcaggc < 1:3302847/100‑1 (MQ=255) tACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGt < 1:1031481/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |