| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 850,996 | C→A | 15.3% | intergenic (+31/+18) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,996 | 0 | C | A | 15.3% | 403.4 / 49.0 | 149 | intergenic (+31/+18) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/60); new base A (8/15); total (74/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGC > NC_000913/850897‑851095 | tACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCtctc < 1:3027105/100‑1 (MQ=255)tACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCtctc > 2:2274320/1‑100 (MQ=255) aGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCgggg > 1:3656490/1‑100 (MQ=255) aGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCgggg > 1:3704776/1‑100 (MQ=255) gCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGAtt > 2:3956455/1‑100 (MQ=255) ccGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttn < 2:2134793/100‑2 (MQ=255) 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2:1788437/100‑1 (MQ=255) ttCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttat < 1:3962964/100‑4 (MQ=37) tCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGTGCGGATTTTTGttt < 2:1477072/100‑1 (MQ=255) tCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGttt < 2:4099901/100‑1 (MQ=255) tCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttata < 1:1548061/100‑5 (MQ=37) cGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGtttt < 1:2638621/100‑1 (MQ=255) cGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGttt < 2:1093359/99‑1 (MQ=255) tAGCTTTGACGTAGGCACCTGGATTTCCGATATTGGTTACCGCGTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttatat < 2:240465/98‑6 (MQ=21) aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttatatcac < 1:1318247/100‑9 (MQ=25) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAg < 1:4094432/100‑1 (MQ=255) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCCCGAGAGGCGGAttttttatatcacc < 1:707268/100‑10 (MQ=25) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTGGGTGATATAAAAAATACGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTGaa > 2:3065790/1‑99 (MQ=255) gCGTTGACGTAGGCACCTGGATGGCCGGTGTTGGTTACCGCTGCTAATCGCTTTGGTGATATAAAAAAACCGCCGCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTa < 2:2680013/98‑1 (MQ=255) cGTTGACGTCGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTACTCACTTTGCCGCTATCAACAATCAACCTCTCGGGCCAGCtttttcatc > 2:3800347/1‑90 (MQ=255) cGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAgg < 1:1082493/100‑1 (MQ=255) cGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAgg < 1:93241/100‑1 (MQ=255) cGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAgg > 2:3307766/1‑100 (MQ=255) gACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGCTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATACAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGAttt > 2:1810668/1‑99 (MQ=255) gTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAGAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCggg > 1:487433/1‑100 (MQ=255) gTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCggg > 1:2831929/1‑100 (MQ=255) tAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGt > 1:152615/1‑100 (MQ=255) ggCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCg < 1:1878215/100‑1 (MQ=255) ccTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGaaaa > 2:3195539/1‑100 (MQ=255) ggATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAatat > 1:359292/1‑100 (MQ=255) ggATTGCCGGTGTTGGATACCGCTTCTAATAACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAatat > 2:19384/1‑100 (MQ=255) gATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATc < 2:3142459/100‑1 (MQ=255) gATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGAGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATc < 2:389199/100‑1 (MQ=255) gATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTGTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTGTCGGGTCGAAAATATc > 1:186675/1‑100 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCg < 2:1952396/100‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCg < 2:163229/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCgg < 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ggTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATgg > 1:3429051/1‑100 (MQ=255) ggTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATgg > 1:1724966/1‑100 (MQ=255) ggTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATgg > 1:2472202/1‑100 (MQ=255) agtaactgCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGAGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGATAATATCGGtt > 2:2430465/8‑91 (MQ=255) ttACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGtt > 2:1646969/1‑100 (MQ=255) tACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAgttggttg > 2:1329827/1‑100 (MQ=255) tACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGtt > 2:3869203/1‑99 (MQ=255) tACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTg < 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gCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAAACCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGta < 2:1784025/99‑1 (MQ=255) tctcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATc < 1:3157946/100‑1 (MQ=255) tcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCgg < 1:2970933/100‑1 (MQ=255) cGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGc < 1:4083992/100‑1 (MQ=255) | TACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGC > NC_000913/850897‑851095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |