| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 875,714 | T→G | 51.3% | V127G (GTC→GGC) | yliF → | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 875,714 | 0 | T | G | 51.3% | 10.1 / 162.7 | 115 | V127G (GTC→GGC) | yliF | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/21); new base G (32/22); total (64/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGG > NC_000913/875615‑875812 | tCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGt > 1:686813/1‑100 (MQ=255)tCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGt < 1:4030441/100‑1 (MQ=255) gTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCaa > 2:3249357/1‑100 (MQ=255) ccTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCaaaa > 2:2643843/1‑100 (MQ=255) tATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCAAAAATa > 2:306350/1‑100 (MQ=255) tATCTGATTTCAAGTAACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCAAAAATa < 1:770897/100‑1 (MQ=255) 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1:1737014/100‑1 (MQ=255) aTGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGAc < 1:2012342/100‑1 (MQ=255) aTGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTAAAAAAAAAAAAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGAc < 2:3567354/100‑1 (MQ=255) tGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACg < 2:570573/100‑1 (MQ=255) tGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACg < 1:3678610/100‑1 (MQ=255) gTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACgg < 2:2094603/100‑1 (MQ=255) gTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGGCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACgg < 1:283536/100‑1 (MQ=255) gTATTCAGGTAAAGGAGTTCGACAAAAATAATTGTGCAGATATCATGCAGGTTGTGAAGTAAAAAAAAAAAAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACgg < 2:2643352/100‑1 (MQ=255) 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cGACATGGCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTg > 2:2223264/1‑100 (MQ=255) gACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTgg > 2:3349069/1‑100 (MQ=255) cATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTc < 1:357143/100‑1 (MQ=255) gTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTgg < 1:3297287/100‑1 (MQ=255) | TCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGG > NC_000913/875615‑875812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |