| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,981 | G→A | 25.2% | A161T (GCC→ACC) | stfP → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,981 | 0 | G | A | 25.2% | 185.9 / 58.7 | 107 | A161T (GCC→ACC) | stfP | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/40); new base A (15/12); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGGTGC > NC_000913/1207882‑1208079 | gAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATg > 2:1195995/1‑100 (MQ=255)gAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATg > 1:1974564/1‑100 (MQ=255)gAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATg > 2:371644/1‑100 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGcc > 2:2323330/1‑100 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGcc > 2:2808327/1‑100 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGcc < 2:3121078/100‑1 (MQ=255) 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2:2584876/93‑1 (MQ=255) tGGAAGGCCGCAAAAGCATCTGCCTCAGAGGGGGATGGAAAAAAAGTCGAATTAAAGGTGGCGGTTAATAAGACCTGGGTTGCCGTTGTTACAAATTa > 2:3711672/1‑98 (MQ=255) ggAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGa > 2:3525726/1‑100 (MQ=255) ggAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGa < 1:1087709/100‑1 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc < 2:3634132/100‑1 (MQ=255) gCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATg > 2:451562/1‑100 (MQ=255) gCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGACTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATg > 2:1774230/1‑100 (MQ=255) ccGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGt > 1:918020/1‑100 (MQ=255) 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aataatGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTAc < 1:3143256/100‑1 (MQ=255) aataatGCCTGCGTTGCCATTGTAGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCCATCAATGCAGCGGCAACTGGGGGATATACACCCACTTCGTTTTTGTTAc > 2:1064753/1‑100 (MQ=255) aataatAACTGAGTTGCCGTTGTTGCAAATTATAACAATGTCAACGCACCTATCAATGCAGTGGAAACAGGGGAATATACAACCACTTCGttttttt > 2:2623942/1‑95 (MQ=255) naatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg > 1:3411108/2‑100 (MQ=255) | GAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGGTGC > NC_000913/1207882‑1208079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |