| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,414,756 | (T)6→5 | coding (38/810 nt) | recT ← | Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,414,751 | 0 | T | . | 96.4% | 234.4 / 1.2 | 55 | coding (43/810 nt) | recT | Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base . (27/26); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCA > NC_000913/1414656‑1414845 | aaGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGttttt < 2:754106/100‑1 (MQ=255) agagCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttg < 1:714778/100‑2 (MQ=255) gagCTGCTGCCAGTTGCTATTTCATTGATGGCTGGTTCATCCCACTAATCACGTCGCTATTTTTCCCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgt < 2:107773/100‑3 (MQ=255) agCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGc > 1:701249/1‑100 (MQ=255) ctgctgCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAATACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGtttttgc < 1:355419/97‑3 (MQ=255) ctgcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCg > 2:1034748/1‑100 (MQ=255) gcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGc > 1:155313/1‑100 (MQ=255) gcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGc > 1:766942/1‑100 (MQ=255) gcCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGc > 1:339611/1‑100 (MQ=255) ccAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCt < 2:898643/100‑1 (MQ=255) aGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCttt > 1:1150878/1‑100 (MQ=255) ctctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGa > 2:831113/1‑100 (MQ=255) tctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGAt > 1:191224/1‑100 (MQ=255) ctTTGAGTGATGGCTGGTTAATAAATCTACTCACGTTGCTATTTATGACTGCTCCTAGTGCACGGTTTACATGCG‑ATTTTGCAAATCGTTTTTTGGGagt < 2:265027/100‑3 (MQ=255) ctTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGAtt > 2:1102964/1‑100 (MQ=255) tttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtg < 1:521626/100‑1 (MQ=255) tttCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGGCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtg < 1:400336/100‑1 (MQ=255) tCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggt < 1:285271/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg < 2:736977/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg < 2:725087/100‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATtggtgg > 2:626127/1‑100 (MQ=255) tGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGtt > 1:1079096/1‑100 (MQ=255) ggCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCtt > 2:815139/1‑100 (MQ=255) gCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTa > 1:1031308/1‑100 (MQ=255) gTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCa < 1:998890/100‑1 (MQ=255) ataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTTCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTg < 2:363356/100‑1 (MQ=255) ataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTg > 1:494426/1‑100 (MQ=255) ataaAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTg > 2:778736/1‑100 (MQ=255) tctaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCa < 1:210473/97‑1 (MQ=255) aaaaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGc > 2:562853/1‑99 (MQ=255) aaaaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCa < 1:23070/100‑1 (MQ=255) aaaaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCa > 2:612995/1‑100 (MQ=255) aaaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCat > 1:1136003/1‑100 (MQ=255) aaCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCata > 2:646609/1‑100 (MQ=255) aCTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCATTTTGTTTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCaaga > 2:210471/1‑97 (MQ=255) aaTCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTcc > 1:517620/1‑100 (MQ=255) aCGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAg < 2:682710/100‑1 (MQ=255) cGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAg < 2:1239861/99‑1 (MQ=255) gTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGcc < 2:100527/100‑1 (MQ=255) tATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGc > 1:216075/1‑100 (MQ=255) tttAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGc < 1:1034758/100‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTg > 1:545736/1‑100 (MQ=255) aCTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTg < 1:626131/100‑1 (MQ=255) tgctgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGAt < 2:1082487/100‑1 (MQ=255) tgctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAAt > 2:264370/1‑100 (MQ=255) gctgGTGGACGGTTTCCGGGAG‑AGTTTGCAGATCGGCTTGTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTAACATGCGTATCCCTTAGCACATCGGGGCAGtcctcca > 2:1199806/1‑93 (MQ=255) gctgGTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATg > 2:570923/1‑100 (MQ=255) ggTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCt < 1:831119/100‑1 (MQ=255) gTGCACGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCtt < 1:624934/100‑1 (MQ=255) tggatcgTTTCTCTGAG‑TTCTTGCAGATCTGCTTTTGCGATTTGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGTGGCAGTGATAATGTCTTa < 2:776656/94‑1 (MQ=255) aCGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATa < 1:41504/100‑1 (MQ=255) cGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAg < 1:654374/100‑1 (MQ=255) cGGTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAg > 1:207005/1‑100 (MQ=255) gTTTCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTTGCGCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCt < 2:854906/100‑1 (MQ=255) tttCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTg < 1:1220453/100‑1 (MQ=255) ttCCCTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTgg < 2:766937/100‑1 (MQ=255) cccTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGcc > 2:1234486/1‑100 (MQ=255) cccTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGcc > 2:880677/1‑100 (MQ=255) ccTGAG‑TTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCa < 2:155311/100‑1 (MQ=255) | AAGAGCTGCTGCCAGTTGCTCTTTCATTGATGGCTGGTTAATAAAACTAATCACGTCGCTATTTTTAACTGCTGCTGGTGCACGGTTTCCCTGAGTTTTTTGCAGATCGGCTTTTGCGATTGGTGGTTGCTTAGTCATTTGCATATTCCTTAGCCCAGCGGGGCAGTGATAATGTCTTAATAGCTGGCCA > NC_000913/1414656‑1414845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |