| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,560,731 | Δ1 bp | coding (199/1023 nt) | ddpB ← | D,D‑dipeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,560,728 | 0 | A | . | 98.2% | 245.7 / ‑2.8 | 55 | coding (202/1023 nt) | ddpB | D,D‑dipeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (28/26); minor base G (1/0); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCG > NC_000913/1560630‑1560823 | cGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaa < 2:1184550/100‑1 (MQ=255)cGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaa < 1:584512/100‑1 (MQ=255) tCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaac < 1:535825/100‑2 (MQ=255) ccGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTaaactgt > 1:1239703/1‑96 (MQ=255) gggAAAAATATACGCGACTCTTCCAGCAGGGTACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGG‑GAAACTGtac > 2:844386/1‑100 (MQ=255) gggAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGtac < 1:10798/100‑1 (MQ=255) ggAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGtaca < 2:1189895/100‑1 (MQ=255) gAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGtacat > 2:547322/1‑100 (MQ=255) aaTATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAg < 1:1263125/100‑1 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTg < 2:859091/100‑1 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTg > 1:21071/1‑100 (MQ=255) cGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTg > 2:955352/1‑100 (MQ=255) cAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGt > 1:974030/1‑100 (MQ=255) ttCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTc < 1:550843/100‑1 (MQ=255) ccagccaccgACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACCTACAGTGGCTGGTCCAGTc < 2:821917/89‑1 (MQ=255) ccAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTccc > 2:704789/1‑100 (MQ=255) aGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAg < 2:756507/100‑1 (MQ=255) ggACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTg > 1:245971/1‑100 (MQ=255) ggACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTg < 1:618332/100‑1 (MQ=255) aCGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGc < 2:875267/100‑1 (MQ=255) ccGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAat > 1:810100/1‑100 (MQ=255) cGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTc > 2:775679/1‑100 (MQ=255) cGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTc < 1:556959/100‑1 (MQ=255) cGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCACAGTTGCTGGCGAATATTTTc < 1:455858/100‑1 (MQ=255) gAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTcc < 2:1239692/100‑1 (MQ=255) gAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTcc < 1:678027/100‑1 (MQ=255) gAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGACGCTGAAGTTGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTcc < 2:916849/100‑1 (MQ=255) aaTGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCa > 2:1233279/1‑100 (MQ=255) aaTGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATACTTTCCa > 2:466468/1‑100 (MQ=255) gATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGAt > 2:1297714/1‑100 (MQ=255) aTGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATa < 1:806964/100‑1 (MQ=255) ccAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCg > 1:1110499/1‑100 (MQ=255) ccAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCg > 1:632165/1‑100 (MQ=255) cAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGc > 1:693403/1‑100 (MQ=255) gTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCGAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTgg > 2:833395/1‑100 (MQ=255) gTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTg > 2:438725/1‑99 (MQ=255) cACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGgcg < 2:175046/100‑1 (MQ=255) aCCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGgcg < 2:1213695/99‑1 (MQ=255) ccATGAAAGACGTCGCTGACGGATCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAATCACAGTTGCTGCAGAATCTCTTCCACGATAGCAACGCTGGcgcg > 2:69101/1‑100 (MQ=255) ccATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGcgcg > 1:270757/1‑100 (MQ=255) ccATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGcgcg > 1:187287/1‑100 (MQ=255) ccATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGcgcg < 2:1062141/100‑1 (MQ=255) cATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCgg < 1:978384/100‑1 (MQ=255) cATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCgg < 1:704793/100‑1 (MQ=255) cATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCgg < 1:221614/100‑1 (MQ=255) tGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTc < 2:810095/100‑1 (MQ=255) aaaCAGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAAAATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCa > 2:459123/1‑99 (MQ=255) aaCAGGGCGCTGACGTAGCGGT‑GAACTGTACATACAGTGGGTGGACGAGTCCCAGTGGCGTGGGTATGTGTTGGACGAGAGCATCGCTGTcgcg > 2:1167850/1‑94 (MQ=255) aGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGc < 1:151619/100‑1 (MQ=255) aGGTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGc < 1:547326/100‑1 (MQ=255) ggTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTTGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGcc > 2:397695/1‑100 (MQ=255) ggTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGcc > 1:269959/1‑100 (MQ=255) ggTCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGcc > 2:9123/1‑100 (MQ=255) tCGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAg > 2:982044/1‑100 (MQ=255) cGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGt > 2:142957/1‑100 (MQ=255) cGCTGACGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGt > 1:1094294/1‑100 (MQ=255) aCGTAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACcg < 2:664306/100‑1 (MQ=255) tAGCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCgcgc < 1:1296765/100‑1 (MQ=255) gCGGT‑AAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCg > 2:60368/1‑100 (MQ=255) | CGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCTGGCGAATATTTTCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCG > NC_000913/1560630‑1560823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |