| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,165,590 | Δ1 bp | intergenic (+69/‑78) | yegP → / → yegQ | UPF0339 family protein/putative peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,165,588 | 0 | C | . | 97.8% | 202.0 / 0.1 | 47 | intergenic (+67/‑80) | yegP/yegQ | UPF0339 family protein/putative peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (21/24); total (21/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
GCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAA > NC_000913/2165490‑2165682 | gCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATgcc > 1:289678/1‑100 (MQ=255) acaAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATgccgc < 2:116185/100‑3 (MQ=255) acaAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATgccgc < 1:402941/100‑3 (MQ=255) acaAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATgccg < 1:122203/99‑2 (MQ=255) aGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCt > 1:983185/1‑100 (MQ=255) aGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTaaa < 1:840721/100‑1 (MQ=255) gACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAg < 1:269608/100‑1 (MQ=255) cGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCGGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTg > 1:598868/1‑100 (MQ=255) cGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTg > 2:146238/1‑100 (MQ=255) gTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTggg > 2:561833/1‑100 (MQ=255) tGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTgggg > 2:1268856/1‑100 (MQ=255) gAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTggggg > 1:173350/1‑100 (MQ=255) cAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTcc < 1:9010/100‑1 (MQ=255) aTACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTcccc < 1:159782/100‑1 (MQ=255) tACGTAATGAAGAGGCCGGGCGTGCGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTGACCAGAGCAGCCCACAGCGCTACAGTG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTcc < 1:635295/97‑1 (MQ=255) aCGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTa < 2:974341/100‑1 (MQ=255) tACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCtt < 1:831015/100‑1 (MQ=255) aCGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTtc > 1:1300950/1‑100 (MQ=255) aTGCCGGACGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCGGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTtcatc < 2:1238338/100‑1 (MQ=255) tGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTtcatca < 1:300946/100‑1 (MQ=255) ccGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAgg > 2:763630/1‑100 (MQ=255) gggCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGt < 1:79986/100‑1 (MQ=255) gggCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGAGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTg > 2:1189372/1‑100 (MQ=255) ggCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCTCCCACAGCGCTACAA‑GGCCGCCCGTAAGGTGGGGGCACTCCGCTAGCCGCGTCATCAGGTg < 2:386375/99‑1 (MQ=255) cGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAg < 2:1300939/100‑1 (MQ=255) cGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAg < 1:357325/100‑1 (MQ=255) tGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCg < 2:1078904/100‑1 (MQ=255) gggTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCgg < 2:1242188/100‑1 (MQ=255) tgttgGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCt < 1:63453/100‑1 (MQ=255) tgGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAc > 2:256655/1‑100 (MQ=255) tgGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAc > 2:1043874/1‑100 (MQ=255) ggCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGCAGCGGATCTGagc < 1:884412/100‑3 (MQ=255) ggCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAcc < 1:763635/100‑1 (MQ=255) ggCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGtcatc < 1:1093016/100‑1 (MQ=255) ggCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGtcatc > 1:691155/1‑100 (MQ=255) cTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGaa > 2:183528/1‑100 (MQ=255) tttACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAAc > 2:1058774/1‑100 (MQ=255) aCCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACgag > 1:635841/1‑100 (MQ=255) ccAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACgaga > 1:631647/1‑100 (MQ=255) ccAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACgag > 1:701384/1‑99 (MQ=255) gagCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGaa > 1:1305751/1‑100 (MQ=255) gagCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCCGACCTGTCATCAGAACGAGAGaa < 1:451892/100‑1 (MQ=255) agCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAAt < 1:1058784/100‑1 (MQ=255) gCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCGGAACGAGAGAAtt > 1:423057/1‑100 (MQ=255) gCCCCCCACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAAtt < 2:826550/100‑1 (MQ=255) ccccccACAGCGCTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTa < 2:691151/100‑1 (MQ=255) gcgcTACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAAc > 1:892535/1‑100 (MQ=255) tACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGa > 1:794011/1‑100 (MQ=255) tACAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGa < 2:289675/100‑1 (MQ=255) aCAATG‑CCGCCCTTAGAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGaa < 1:1281986/100‑1 (MQ=255) aCAATG‑CCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGaa < 1:1281644/100‑1 (MQ=255) | GCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAA > NC_000913/2165490‑2165682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |