| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 91.7% | 154.5 / 7.6 | 48 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base A (23/21); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGAT > NC_000913/4235587‑4235772 | ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a > 2:965403/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aa < 1:800491/100‑1 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaa < 2:296675/100‑1 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaa > 1:1147518/1‑99 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaat < 1:904631/100‑3 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaatacg > 1:1120764/1‑95 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAg < 1:899592/100‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGAt > 2:1215200/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGAtt < 2:738881/100‑1 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAAtt > 2:173376/1‑100 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACGGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATGCTCAGATTAAtt > 2:908091/1‑99 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGc > 2:547628/1‑100 (MQ=255) tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCt > 1:1020778/1‑100 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCtttt < 2:687712/100‑1 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt < 1:1046761/100‑1 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt < 2:65990/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 1:708646/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:251958/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:413202/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:1232/1‑100 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:1260889/1‑99 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 2:1299554/100‑1 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta > 2:969821/1‑100 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt < 1:381560/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 1:92455/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 1:90337/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 2:1147507/100‑1 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt > 1:922158/1‑100 (MQ=255) aCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa > 2:54356/1‑100 (MQ=255) cGTGAGGGTAATCGTAAAATAGATTTATAATCGTTGTTTATTTCGAA‑AAAATACTCAGATTTATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt < 2:73276/100‑1 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTCTATGATTTTTATTg < 1:228906/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa < 1:886578/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa > 1:524323/1‑100 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATACATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGTA‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg < 2:896541/97‑1 (MQ=255) aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa > 1:1219749/1‑100 (MQ=255) aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa < 2:234120/100‑1 (MQ=255) aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa > 1:118100/1‑100 (MQ=255) tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat < 1:23948/100‑1 (MQ=255) ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata > 1:1151880/1‑100 (MQ=255) ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata > 1:192548/1‑100 (MQ=255) aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑TAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat < 2:688096/96‑1 (MQ=255) gATTTTTAATCGTTGTTTCTTTCG‑GAAAAATACGCAGCTTAATTGCTTTTGTTTTTTTTTTATGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa > 2:1152901/1‑100 (MQ=255) gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTTTTATTTAAATATAAGTTGaa > 2:818550/1‑100 (MQ=255) gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa > 2:1152175/1‑100 (MQ=255) tttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc < 1:1270924/100‑1 (MQ=255) ttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCATATTAATTGCTTTTCTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc < 2:639730/99‑1 (MQ=255) ttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACt < 1:1260900/100‑1 (MQ=255) tttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa > 2:1078221/1‑96 (MQ=255) tttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACtt < 1:757995/100‑1 (MQ=255) ttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAATCTta > 2:1235483/1‑100 (MQ=255) ttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTta < 2:1023273/100‑1 (MQ=255) aTCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAtt < 1:173378/100‑1 (MQ=255) ttgtttgtTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt < 2:1108129/98‑1 (MQ=255) tgttTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTTTTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat > 2:609309/1‑100 (MQ=255) | GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGAT > NC_000913/4235587‑4235772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |