| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,642,062 | +T | coding (208/213 nt) | cspF → | Qin prophage; cold shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,642,059 | 1 | . | T | 95.7% | 161.4 / 0.7 | 47 | coding (205/213 nt) | cspF | Qin prophage; cold shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base T (24/21); total (24/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTG > NC_000913/1641960‑1642154 | gcgcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTAcc < 2:44834/100‑1 (MQ=255)gcgcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTAcc < 2:604731/100‑1 (MQ=255) cgcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t > 2:1125904/1‑100 (MQ=255) gcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑t > 1:563259/1‑100 (MQ=255) gcTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑t > 1:12573/1‑100 (MQ=255) cTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tt < 2:872239/100‑1 (MQ=255) cTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tt > 2:378674/1‑100 (MQ=255) cAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttc > 2:1019152/1‑98 (MQ=255) cAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttc > 2:209683/1‑98 (MQ=255) cAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttc < 2:636424/100‑3 (MQ=255) aaTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttca < 1:81190/100‑4 (MQ=255) aaTCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑t‑tttca > 2:572067/1‑97 (MQ=255) tcCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAg < 2:367906/100‑1 (MQ=255) ccGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGc > 1:411595/1‑100 (MQ=255) ccGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGc < 1:719099/100‑1 (MQ=255) cgcgATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCt > 1:64793/1‑100 (MQ=255) gcgATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCta > 1:42996/1‑100 (MQ=255) cAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTaa > 2:17005/1‑100 (MQ=255) gaagaaATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAg > 1:1001138/1‑100 (MQ=255) gaagaaATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAg > 1:1116210/1‑100 (MQ=255) aagaaATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑TGTTCATGAGCTATATTAAAGc < 1:1226367/100‑1 (MQ=255) aaaTTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCttt < 1:267169/100‑1 (MQ=255) ttACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAAt > 2:739737/1‑100 (MQ=255) cGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGc < 2:1004781/100‑1 (MQ=255) gATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGccc > 1:103970/1‑100 (MQ=255) aTTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGcccc > 1:865931/1‑100 (MQ=255) gcgTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCg < 2:453043/99‑1 (MQ=255) cgTGGAATTTTGTCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGa > 1:856891/1‑100 (MQ=255) gTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCTGGCCCCATCGGAt > 2:821441/1‑100 (MQ=255) tGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATc > 2:526613/1‑100 (MQ=255) tGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATc < 2:935885/100‑1 (MQ=255) aTTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATcacac < 2:462576/100‑1 (MQ=255) ttttGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATcacaca < 1:866051/100‑1 (MQ=255) tGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATgg < 1:915681/100‑1 (MQ=255) ccGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGgag < 1:964476/100‑1 (MQ=255) tAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGttt < 1:54826/100‑1 (MQ=255) aaTGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGttttt < 1:1125914/100‑1 (MQ=255) aTGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTa > 1:816998/1‑100 (MQ=255) tGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTAt > 1:419165/1‑100 (MQ=255) ggTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATg < 1:395531/100‑1 (MQ=255) tCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGaa > 1:185172/1‑100 (MQ=255) gTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCATGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGATTTTATTAATAAcc > 2:161970/1‑100 (MQ=255) gTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAAcc < 1:739742/100‑1 (MQ=255) gCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCg < 2:411591/100‑1 (MQ=255) gCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCg > 1:228550/1‑100 (MQ=255) ccTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtc > 1:669352/1‑100 (MQ=255) ccTTCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtc < 1:17005/100‑1 (MQ=255) ttCAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtctg < 2:865925/100‑1 (MQ=255) cAGCTGCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCgtctgtc > 2:667068/1‑100 (MQ=255) gCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgat < 2:164277/100‑1 (MQ=255) gCCAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtg > 1:272491/1‑98 (MQ=255) ccAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatg > 1:206951/1‑100 (MQ=255) ccAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatg > 1:1205441/1‑100 (MQ=255) ccAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatg < 2:228548/100‑1 (MQ=255) cAATGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTtgatga > 2:316779/1‑100 (MQ=255) tGTTTACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTTAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGAc > 2:482844/1‑98 (MQ=255) tttACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGt < 1:242413/100‑1 (MQ=255) ttACCTT‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGtt < 1:1224375/100‑1 (MQ=255) tcaCC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTg < 2:792273/98‑1 (MQ=255) | GCGCTCAATCTCCGCGATGCAGAAGAAATTACCACCGGATTACGCGTGGAATTTTGCCGGATAAATGGTCTGCGTGGCCCTTCAGCTGCCAATGTTTACC‑T‑TTCATGAGCTATATTAAAGCTTTAATTTCAGGCCCCATCGGATCACACATGGAGAGTTTTTATGAATAACCCCGTCTGTCTTGATGACTGGTTG > NC_000913/1641960‑1642154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |