| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,461,483 | G→T | A60S (GCA→TCA) | fadL → | long‑chain fatty acid outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,461,483 | 0 | G | T | 95.2% | 207.5 / 0.8 | 62 | A60S (GCA→TCA) | fadL | long‑chain fatty acid outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (23/36); total (25/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
TTTCAGTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATCTGGTC > NC_000913/2461387‑2461576 | tttCAGTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCAt > 1:617046/1‑100 (MQ=255)tttCAGTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCAt > 1:344419/1‑100 (MQ=255) tCAGTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTg > 1:920018/1‑100 (MQ=255) gTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGAtt > 1:694869/1‑100 (MQ=255) gTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGAtt < 2:838951/100‑1 (MQ=255) ttAAACGAATTTTCTTTCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTa < 2:761611/100‑1 (MQ=255) ttAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTa < 2:214318/100‑1 (MQ=255) aaaCGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTAc < 2:128741/99‑1 (MQ=255) aCGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTAt < 2:514396/100‑1 (MQ=255) cGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATg > 1:1151555/1‑100 (MQ=255) aaTTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGtt < 1:148962/100‑1 (MQ=255) aTTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGACGCAATTGCCGATGATGCAAGTAACGGCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGtt > 2:713003/1‑99 (MQ=255) ttttCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTg < 2:730820/100‑1 (MQ=255) ttttCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTg < 1:1117457/100‑1 (MQ=255) ttcttcCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGAc < 1:577979/100‑1 (MQ=255) tcttcCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATCTTTGAcc < 1:684105/100‑1 (MQ=255) cttcCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCg > 1:739177/1‑100 (MQ=255) tctGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTTACCGCCCGa > 2:326476/1‑100 (MQ=255) ctGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGAc > 2:203937/1‑100 (MQ=255) ctGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGAc < 2:532979/100‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACAtt > 2:1068614/1‑100 (MQ=255) ccTGGGCCGGGCTTTATAAGGAGCAGGCGCAATTACCGATGATGCAGGTAATGTGAGGCTGAAGCTCTCATTGGTTACTATTGTTGACCGCCCTACAtgt > 2:433611/1‑98 (MQ=255) gggCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCt < 1:583213/100‑1 (MQ=255) ggCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTg > 1:151730/1‑100 (MQ=255) gCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGc > 2:59245/1‑100 (MQ=255) tATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCgg > 1:178741/1‑100 (MQ=255) aTTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTATCGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGTCCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGt < 1:915526/100‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAGCGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGt < 1:915524/100‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGt > 1:132867/1‑100 (MQ=255) ttCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGtt < 2:617042/100‑1 (MQ=255) ttCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGtt < 2:698219/100‑1 (MQ=255) ttCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGtt > 2:941108/1‑100 (MQ=255) cAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta < 1:975957/100‑1 (MQ=255) cAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTta < 1:379561/100‑1 (MQ=255) gggAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAAACCCTCATTGATTACTATGTTTGAGCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTatat > 2:767949/1‑100 (MQ=255) ggCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGAcc > 1:1155035/1‑100 (MQ=255) gcgcAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGAccc < 1:554271/100‑1 (MQ=255) cgcAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCg < 2:1155024/100‑1 (MQ=255) gcAATTGCCGATGATGCAGGTACCGTCAGCCTTAACCACTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCgg < 2:877183/100‑1 (MQ=255) gcAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCCGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCgg < 2:231241/100‑1 (MQ=255) cAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGa > 1:440493/1‑100 (MQ=255) aTTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATg < 2:920010/100‑1 (MQ=255) gCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTa > 1:672264/1‑99 (MQ=255) cGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAat < 1:1198631/100‑1 (MQ=255) gatgatGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAata < 1:260147/100‑1 (MQ=255) atgatgCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAatat < 2:178739/100‑1 (MQ=255) tgatgCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATc < 2:1040653/100‑1 (MQ=255) tgCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGc < 2:263420/100‑1 (MQ=255) aGGTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGa < 1:924129/100‑1 (MQ=255) gTAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAAc < 1:368595/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACg < 1:1055569/100‑1 (MQ=255) gTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGtctc < 2:445807/100‑1 (MQ=255) gTCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGtctc > 1:852188/1‑100 (MQ=255) gTCACCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGACCGtctc > 2:1016534/1‑100 (MQ=255) tCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTcc > 2:818205/1‑100 (MQ=255) tCAGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTcc < 1:1116495/100‑1 (MQ=255) aGCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCAt > 2:432052/1‑100 (MQ=255) gCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTTCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATc < 1:499554/100‑1 (MQ=255) gCCGTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATc > 2:159415/1‑100 (MQ=255) gTAACCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATCTgg < 1:60829/100‑1 (MQ=255) aaCCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATCTGGTc < 1:1246847/100‑1 (MQ=255) aaCCCCTCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATCTGGTc < 2:621444/100‑1 (MQ=255) | TTTCAGTTAAACGAATTTTCTTCCTCTGGCCTGGGCCGGGCTTATTCAGGGGAAGGCGCAATTGCCGATGATGCAGGTAACGTCAGCCGTAACCCCGCATTGATTACTATGTTTGACCGCCCGACATTTTCTGCGGGTGCGGTTTATATTGACCCGGATGTAAATATCAGCGGAACGTCTCCATCTGGTC > NC_000913/2461387‑2461576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |