| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 331,668 | A→G | intergenic (+172/‑703) | betT → / → yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 331,668 | 0 | A | G | 88.2% | 135.7 / 5.9 | 51 | intergenic (+172/‑703) | betT/yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base G (26/19); total (29/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTG > NC_000913/331576‑331761 | aaGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCa < 2:53898/100‑1 (MQ=255) cacTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTTGGCTGTTGCGAATGTTCAAt < 2:985754/97‑1 (MQ=255) ccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATaa > 2:216817/1‑100 (MQ=255) ccTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATa < 2:100785/99‑1 (MQ=255) ttAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGt < 2:96424/100‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGttt > 1:1253198/1‑100 (MQ=255) 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1:932602/100‑1 (MQ=255) aCCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTaa > 1:1125415/1‑100 (MQ=255) aCCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTaa > 2:670021/1‑100 (MQ=255) aacaGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGc < 2:162257/100‑1 (MQ=255) aacaGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGc > 1:105222/1‑100 (MQ=255) acaGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCt < 2:574290/100‑1 (MQ=255) acaGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGACTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCt > 2:630145/1‑100 (MQ=255) aGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGAACTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTCTTTAATGTAAATATTGCTg > 2:93066/1‑99 (MQ=255) 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2:225844/100‑1 (MQ=255) aaaagaaaagAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGaa < 2:2314/100‑1 (MQ=255) aaagaaaagaACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGaaa < 1:273020/100‑1 (MQ=255) gaaaagacCTATTGCAGCCCAAAAACTAAATATGGGCTATTGACGATGTTAAATAAGTTTAGTCATATTTAATGTAAATATTTATGATGATATGAAATGa > 2:268393/1‑100 (MQ=255) aaaagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGAc > 1:1205945/1‑100 (MQ=255) aaaagaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGAc > 2:867998/1‑100 (MQ=255) gaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCat > 1:1024616/1‑100 (MQ=255) gaaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCat > 1:1266291/1‑100 (MQ=255) aaCTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCatt > 1:982148/1‑100 (MQ=255) gCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATg < 1:264130/100‑1 (MQ=255) cccAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATgaga > 1:1218615/1‑99 (MQ=255) ccAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGaaa > 2:163826/1‑100 (MQ=255) cAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAt > 1:190345/1‑100 (MQ=255) aaaaCCTACATTTGGGCGGTTGCGGATGTGCAATAAGGTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAtg < 1:29746/100‑1 (MQ=255) aaCCTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAAtgtg < 2:1205934/100‑1 (MQ=255) ccTACATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTa < 1:104693/100‑1 (MQ=255) cTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTAt > 1:71401/1‑100 (MQ=255) cATTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGt > 1:593953/1‑100 (MQ=255) aTTTGTGCTGTTGAGGATGTTCAAAAAGTTTAGTATTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTa < 2:1005814/100‑1 (MQ=255) aTTTGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTa > 1:937097/1‑100 (MQ=255) tttGGGCTGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTaa > 2:481340/1‑100 (MQ=255) tGTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACt < 2:1024607/100‑1 (MQ=255) gTTGCGGATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTg > 2:171547/1‑100 (MQ=255) | AAGCCCTTAGTATCTATTGATGATTACCAGACAACAGATAATAAAAAAGAAAAGAACTATTGCAGCCCAAAACCTACATTTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTG > NC_000913/331576‑331761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |